More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1689 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  100 
 
 		 300 aa  619  1e-176  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  67.43 
 
 		 304 aa  434  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  65.67 
 
 		 300 aa  421  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  54.36 
 
 		 306 aa  352  5.9999999999999994e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 299 aa  324  9e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1423  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  50 
 
 		 311 aa  322  4e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  49.66 
 
 		 299 aa  318  6e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  47 
 
 		 300 aa  280  3e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05092  transcriptional regulator  50.61 
 
 		 245 aa  274  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 303 aa  233  3e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 298 aa  231  9e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 298 aa  226  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 296 aa  224  2e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 292 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 292 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 335 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 304 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 292 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 298 aa  219  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.93 
 
 		 298 aa  220  3e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 298 aa  219  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  39.08 
 
 		 289 aa  220  3e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 292 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 292 aa  219  5e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38 
 
 		 307 aa  218  7e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 289 aa  218  7.999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 292 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 299 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  38.11 
 
 		 289 aa  216  4e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.33 
 
 		 302 aa  216  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 298 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 307 aa  215  7e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 307 aa  215  7e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 298 aa  215  8e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 289 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 288 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33170  putative transcriptional regulator  38.11 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.162388  hitchhiker  0.0024503 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 293 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  37.32 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 293 aa  211  7.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  38.49 
 
 		 288 aa  211  1e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 288 aa  211  2e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 293 aa  209  4e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 289 aa  209  4e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2820  transcriptional regulator  37.46 
 
 		 304 aa  209  4e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.309503  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 291 aa  209  5e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 289 aa  209  6e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  209  6e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 317 aa  208  7e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1239  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 323 aa  208  9e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.28 
 
 		 290 aa  208  9e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 303 aa  206  4e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1079  LysR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 205 aa  205  7e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435292 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50600  transcriptional regulator  35.59 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.857605  normal  0.0631781 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 322 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  37.81 
 
 		 289 aa  202  4e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 304 aa  202  5e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 313 aa  202  7e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.45 
 
 		 300 aa  202  7e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  37.76 
 
 		 304 aa  202  7e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 295 aa  202  7e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.14 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  37.81 
 
 		 289 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 304 aa  200  3e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  37.41 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 302 aa  198  9e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 313 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.52 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 309 aa  196  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.27 
 
 		 318 aa  197  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.29 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  37.01 
 
 		 290 aa  196  3e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 309 aa  196  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 313 aa  195  7e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 295 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 350 aa  195  9e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>