More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3571 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  638    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  57.43 
 
 		 304 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33170  putative transcriptional regulator  56.58 
 
 		 304 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.162388  hitchhiker  0.0024503 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2820  transcriptional regulator  56.58 
 
 		 304 aa  351  8.999999999999999e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.309503  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  56.25 
 
 		 304 aa  348  8e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  52.3 
 
 		 350 aa  315  8e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.33 
 
 		 318 aa  299  4e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 296 aa  229  5e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 299 aa  229  5e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 295 aa  226  4e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 291 aa  225  7e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 298 aa  225  9e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 298 aa  223  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 298 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  40 
 
 		 307 aa  224  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  43.88 
 
 		 308 aa  223  3e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 335 aa  222  8e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.51 
 
 		 302 aa  219  3e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 302 aa  219  6e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 313 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.31 
 
 		 299 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 294 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  42.12 
 
 		 301 aa  215  8e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.78 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 294 aa  211  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1277  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.927239  normal  0.188653 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 303 aa  211  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0327  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 324 aa  210  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 399 aa  209  4e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 298 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  35.49 
 
 		 300 aa  208  8e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.25 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.5 
 
 		 293 aa  206  4e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4627  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 301 aa  206  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397296  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 309 aa  205  6e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 305 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 296 aa  206  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 305 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 305 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.82 
 
 		 297 aa  205  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 299 aa  205  9e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 294 aa  205  9e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 295 aa  203  3e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 316 aa  202  5e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 299 aa  202  6e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.95 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 298 aa  202  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 322 aa  202  7e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 305 aa  202  8e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 297 aa  200  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2362  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 309 aa  199  7e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  37.72 
 
 		 299 aa  198  9e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 299 aa  198  9e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 292 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 307 aa  197  3e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 309 aa  197  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 307 aa  197  3e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 301 aa  197  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 292 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  38.41 
 
 		 289 aa  196  5.000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 288 aa  195  9e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 288 aa  194  1e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 289 aa  194  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  38.62 
 
 		 289 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 292 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>