More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_3853 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
306 aa  630  1e-180  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  54.36 
 
 
300 aa  352  7e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  53.51 
 
 
300 aa  350  2e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  55.52 
 
 
299 aa  341  9e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  53.31 
 
 
304 aa  337  1.9999999999999998e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  54.18 
 
 
299 aa  336  3.9999999999999995e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1423  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  51.68 
 
 
311 aa  329  3e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05092  transcriptional regulator  52.63 
 
 
245 aa  272  5.000000000000001e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  46.31 
 
 
300 aa  270  2e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 
299 aa  228  8e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
298 aa  228  1e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
295 aa  225  7e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 
298 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
298 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
298 aa  224  1e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
296 aa  224  1e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
298 aa  221  9e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1079  LysR family transcriptional regulator  49.21 
 
 
205 aa  216  4e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.435292 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.89 
 
 
307 aa  206  3e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 
303 aa  205  8e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.7 
 
 
299 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.65 
 
 
335 aa  202  7e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.14 
 
 
302 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
298 aa  199  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 
305 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 
305 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 
305 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 
298 aa  199  5e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
298 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
299 aa  199  6e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
304 aa  199  7e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 
294 aa  199  7e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 
294 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.5 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 
306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50600  transcriptional regulator  34.81 
 
 
304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.857605  normal  0.0631781 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.82 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 
299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 
299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 
296 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
300 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  39.64 
 
 
399 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 
298 aa  196  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
298 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 
328 aa  195  8.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
298 aa  195  9e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
298 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 
305 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
298 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 
299 aa  194  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  38.63 
 
 
291 aa  194  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  36.7 
 
 
308 aa  194  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
301 aa  193  3e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 
298 aa  192  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
305 aa  192  5e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
317 aa  192  6e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
306 aa  192  7e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
305 aa  192  7e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 
295 aa  192  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
292 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
304 aa  191  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
294 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
304 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
299 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
299 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
299 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 
301 aa  190  2e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
292 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 
301 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
308 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
307 aa  189  5e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 
297 aa  189  5.999999999999999e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
310 aa  189  7e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
289 aa  189  7e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 
312 aa  188  8e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 
299 aa  188  9e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
296 aa  188  9e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
301 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
292 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
301 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
301 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
301 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 
307 aa  187  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
290 aa  187  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 
307 aa  187  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 
292 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
301 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 
300 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
300 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
292 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2820  transcriptional regulator  35.64 
 
 
304 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.309503  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 
313 aa  186  3e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 
310 aa  187  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
300 aa  186  4e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.06 
 
 
302 aa  186  4e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
309 aa  186  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4311  transcriptional regulator  35.84 
 
 
304 aa  185  7e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
301 aa  185  8e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
293 aa  185  8e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>