More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1239 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1239  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  659    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50600  transcriptional regulator  68.47 
 
 		 304 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.857605  normal  0.0631781 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4311  transcriptional regulator  68.47 
 
 		 304 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.91 
 
 		 300 aa  209  6e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.02 
 
 		 300 aa  208  1e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 298 aa  205  8e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 298 aa  199  5e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 296 aa  198  9e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 304 aa  195  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  36.73 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 299 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.07 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  187  3e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  37.54 
 
 		 293 aa  186  5e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 306 aa  186  5e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 298 aa  185  8e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 306 aa  185  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 292 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 292 aa  182  7e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  32.23 
 
 		 305 aa  182  9.000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 292 aa  181  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 297 aa  179  4.999999999999999e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  37.78 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 291 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 299 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 299 aa  179  8e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 293 aa  177  3e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  32.99 
 
 		 288 aa  177  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.46 
 
 		 289 aa  176  4e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 335 aa  176  5e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  31.93 
 
 		 299 aa  176  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  33.22 
 
 		 290 aa  176  7e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1423  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  32.53 
 
 		 311 aa  175  8e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 302 aa  175  9e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  36.9 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 293 aa  175  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 293 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  36.81 
 
 		 289 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 290 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 304 aa  173  5e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 293 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 297 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 297 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 292 aa  172  9e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 309 aa  172  9e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.62 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  35.69 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  34.86 
 
 		 290 aa  170  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3137  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 305 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 291 aa  170  4e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 307 aa  170  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 296 aa  169  5e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 298 aa  169  7e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 302 aa  169  7e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 289 aa  168  9e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0551  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0981  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 288 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 304 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 300 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 304 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 296 aa  165  8e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 305 aa  165  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.2 
 
 		 289 aa  165  8e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0813  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 292 aa  165  9e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.909105  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>