More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1361 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  610  1e-173  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  83.16 
 
 		 291 aa  495  1e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  56.81 
 
 		 331 aa  352  5e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  60.61 
 
 		 310 aa  351  1e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3160  LysR family transcriptional regulator  55.3 
 
 		 316 aa  325  5e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  56.4 
 
 		 308 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  51.5 
 
 		 320 aa  319  3e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  53.31 
 
 		 309 aa  310  1e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3026  LysR family transcriptional regulator  54.95 
 
 		 336 aa  310  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0264473 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  52.9 
 
 		 298 aa  303  2.0000000000000002e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0588  LysR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 301 aa  284  1.0000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  42.11 
 
 		 305 aa  276  4e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0349  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 312 aa  270  2e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  43.2 
 
 		 309 aa  260  2e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 309 aa  259  3e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  39.74 
 
 		 308 aa  258  7e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1658  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 305 aa  254  1.0000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.265046 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0915  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 326 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0835  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  37.97 
 
 		 297 aa  243  3e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000051165  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0188  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 302 aa  235  5.0000000000000005e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 296 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 291 aa  206  3e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 293 aa  200  3e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 298 aa  198  7.999999999999999e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 296 aa  198  9e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.46 
 
 		 307 aa  197  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.46 
 
 		 302 aa  195  6e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 298 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 298 aa  195  7e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 298 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 310 aa  195  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 299 aa  193  4e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.1 
 
 		 305 aa  192  8e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 313 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1980  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 312 aa  191  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 309 aa  190  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 335 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  34.93 
 
 		 313 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 289 aa  189  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 313 aa  189  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 313 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 316 aa  189  5e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 294 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 313 aa  188  8e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 324 aa  188  8e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 313 aa  188  8e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 313 aa  188  8e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 337 aa  188  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 305 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 313 aa  187  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 305 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 312 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  34.93 
 
 		 313 aa  188  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 294 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 294 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 307 aa  187  3e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 292 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 307 aa  187  3e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  34.25 
 
 		 313 aa  186  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 293 aa  186  3e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 292 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 292 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.58 
 
 		 309 aa  186  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 		 307 aa  186  6e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 292 aa  185  7e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 301 aa  185  8e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.64 
 
 		 295 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.2 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  37.63 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>