More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_2063 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
295 aa  588  1e-167  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3267  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 
302 aa  265  5.999999999999999e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.995202  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 
313 aa  263  3e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1427  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 
307 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.401256 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2785  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 
311 aa  228  8e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.769841 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 
297 aa  221  8e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 
297 aa  221  8e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2771  transcriptional regulator, LysR family  42.51 
 
 
307 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.042768  normal  0.541087 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
302 aa  220  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
302 aa  216  5e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2515  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 
308 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.62645  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 
293 aa  206  4e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4434  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
301 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.774237  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 
300 aa  203  3e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4510  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172827  normal  0.41646 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 
296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 
292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.76 
 
 
295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 
335 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 
301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
301 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.76 
 
 
307 aa  195  6e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
307 aa  195  6e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 
300 aa  195  6e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
299 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
299 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
299 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
307 aa  195  9e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
299 aa  195  1e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.08 
 
 
300 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
299 aa  195  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.42 
 
 
302 aa  194  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
299 aa  195  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
298 aa  194  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
299 aa  195  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
299 aa  193  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
305 aa  193  3e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 
296 aa  192  4e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 
305 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 
303 aa  192  7e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
292 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  36.36 
 
 
300 aa  192  7e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 
298 aa  191  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
309 aa  191  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
304 aa  191  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 
305 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
303 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 
305 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
305 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 
298 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
295 aa  189  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
305 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 
302 aa  189  5e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
299 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
300 aa  189  5.999999999999999e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
305 aa  189  5.999999999999999e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
313 aa  188  7e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
306 aa  189  7e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
295 aa  188  8e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
302 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
298 aa  188  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 
298 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 
308 aa  187  2e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
302 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  34.95 
 
 
305 aa  186  4e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 
305 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 
305 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
297 aa  186  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
301 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 
297 aa  186  6e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  39.78 
 
 
302 aa  185  7e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
309 aa  185  8e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
302 aa  185  9e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
298 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
324 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 
302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
322 aa  182  6e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
298 aa  182  6e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 
304 aa  182  7e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
306 aa  182  9.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
307 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
297 aa  181  2e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
299 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
302 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
302 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
310 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
309 aa  179  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4851  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 
298 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204914  normal  0.243062 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
310 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
311 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
310 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4353  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 
304 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3767  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
311 aa  179  7e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
325 aa  179  7e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.129634 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>