More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001225 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 299 aa  621  1e-177  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  89.63 
 
 		 299 aa  562  1.0000000000000001e-159  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05092  transcriptional regulator  93.47 
 
 		 245 aa  486  1e-136  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1423  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  74.83 
 
 		 311 aa  486  1e-136  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  54.21 
 
 		 300 aa  352  4e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  54.18 
 
 		 306 aa  336  3.9999999999999995e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  50.66 
 
 		 304 aa  321  9.999999999999999e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  49.66 
 
 		 300 aa  318  6e-86  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  53.33 
 
 		 300 aa  307  1.0000000000000001e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 296 aa  232  6e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 298 aa  232  6e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 295 aa  229  5e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 298 aa  225  7e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1079  LysR family transcriptional regulator  51.81 
 
 		 205 aa  224  1e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435292 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 306 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.78 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.46 
 
 		 307 aa  212  5.999999999999999e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  208  7e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 335 aa  205  6e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 328 aa  205  1e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 298 aa  197  3e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.62 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.76 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 299 aa  192  6e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 313 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4627  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397296  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 350 aa  189  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.97 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 301 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 301 aa  188  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 320 aa  188  9e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33170  putative transcriptional regulator  38.36 
 
 		 304 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.162388  hitchhiker  0.0024503 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 301 aa  185  6e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 304 aa  185  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  185  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0905  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 295 aa  185  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.227995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004083  transcriptional regulator  34.56 
 
 		 314 aa  185  9e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 317 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1066  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.567936  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2820  transcriptional regulator  37.54 
 
 		 304 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.309503  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50600  transcriptional regulator  32.87 
 
 		 304 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.857605  normal  0.0631781 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  33.8 
 
 		 297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 304 aa  182  6e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 299 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 299 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  37.2 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 362 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  37.76 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 312 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 300 aa  180  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 327 aa  181  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2703  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.637197 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>