More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1423 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_1423  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  100 
 
 		 311 aa  641    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  75.84 
 
 		 299 aa  491  9.999999999999999e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  74.83 
 
 		 299 aa  486  1e-136  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05092  transcriptional regulator  73.06 
 
 		 245 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  51 
 
 		 300 aa  352  5e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  51.33 
 
 		 304 aa  332  5e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  51.68 
 
 		 306 aa  329  3e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  50 
 
 		 300 aa  322  4e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  49.67 
 
 		 300 aa  293  2e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1079  LysR family transcriptional regulator  53.09 
 
 		 205 aa  226  3e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435292 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  41.1 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 295 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  39 
 
 		 302 aa  218  8.999999999999998e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 296 aa  218  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 298 aa  215  7e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 335 aa  209  5e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 298 aa  207  3e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 298 aa  206  5e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 305 aa  205  7e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 298 aa  205  8e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 298 aa  192  9e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.05 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.39 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 328 aa  189  5e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  36.08 
 
 		 293 aa  186  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 304 aa  185  7e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.9 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.8 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 302 aa  182  6e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 301 aa  182  6e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 296 aa  182  6e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 301 aa  182  7e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 304 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33170  putative transcriptional regulator  38 
 
 		 304 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.162388  hitchhiker  0.0024503 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 309 aa  182  9.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 399 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  36.99 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 320 aa  180  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  34.14 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 304 aa  179  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 309 aa  179  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 297 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 299 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2820  transcriptional regulator  36.99 
 
 		 304 aa  179  7e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.309503  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 307 aa  179  8e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 307 aa  179  8e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  178  9e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.11 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  33.8 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 289 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.04 
 
 		 289 aa  177  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 362 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  34.52 
 
 		 289 aa  177  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 304 aa  177  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 313 aa  176  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>