More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1339 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  595  1e-169  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  82.27 
 
 		 302 aa  498  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 301 aa  249  4e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  45.86 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 304 aa  215  8e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 303 aa  211  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.23 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 293 aa  209  4e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.54 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.07 
 
 		 305 aa  205  7e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.96 
 
 		 293 aa  205  8e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 335 aa  199  6e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 294 aa  198  7e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 313 aa  198  7e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 307 aa  198  7.999999999999999e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 296 aa  196  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 316 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.95 
 
 		 302 aa  196  6e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 295 aa  196  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 302 aa  195  6e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 298 aa  195  6e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 307 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 299 aa  195  9e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.81 
 
 		 289 aa  195  9e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 292 aa  194  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 317 aa  194  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 298 aa  193  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  34.47 
 
 		 289 aa  193  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 305 aa  193  4e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1337  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 297 aa  192  6e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 294 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 294 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  42.6 
 
 		 311 aa  192  7e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 399 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  38.44 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 308 aa  189  5e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 322 aa  189  5e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  42.6 
 
 		 325 aa  189  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 295 aa  189  5.999999999999999e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.96 
 
 		 299 aa  189  7e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 		 296 aa  189  7e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 289 aa  188  9e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 300 aa  187  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  43.17 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  36.05 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 313 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 300 aa  187  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  40.79 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 302 aa  185  7e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  185  8e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 322 aa  185  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3500  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.963487  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  39.45 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  38.57 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  43.93 
 
 		 313 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  44.32 
 
 		 313 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>