More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1557 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  95.64 
 
 		 298 aa  593  1e-168  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  88.55 
 
 		 298 aa  545  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  87.46 
 
 		 298 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  86.78 
 
 		 298 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  86.78 
 
 		 298 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  86.73 
 
 		 298 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  79.93 
 
 		 304 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  79.86 
 
 		 302 aa  478  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  79.86 
 
 		 302 aa  478  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  56.75 
 
 		 293 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  56.06 
 
 		 293 aa  350  1e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  56.06 
 
 		 293 aa  351  1e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  55.02 
 
 		 292 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  55.02 
 
 		 292 aa  346  3e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 292 aa  346  3e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 292 aa  345  5e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  54.67 
 
 		 292 aa  345  6e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  54.74 
 
 		 289 aa  344  1e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  55.44 
 
 		 289 aa  344  1e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  56.14 
 
 		 289 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 292 aa  342  4e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  53.85 
 
 		 289 aa  338  9e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  54.9 
 
 		 291 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  53.15 
 
 		 289 aa  335  5e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 		 302 aa  332  4e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  54.01 
 
 		 290 aa  328  9e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  53.68 
 
 		 289 aa  327  2.0000000000000001e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  52.45 
 
 		 290 aa  326  2.0000000000000001e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  53.5 
 
 		 289 aa  322  6e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  52.1 
 
 		 288 aa  317  1e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 295 aa  317  2e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  53.85 
 
 		 290 aa  316  3e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 289 aa  315  8e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 288 aa  311  9e-84  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 288 aa  310  2e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  52.45 
 
 		 300 aa  309  2.9999999999999997e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  48.78 
 
 		 298 aa  308  1.0000000000000001e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  49.45 
 
 		 298 aa  298  1e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 295 aa  291  6e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 326 aa  282  5.000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  44.96 
 
 		 290 aa  273  2.0000000000000002e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  41.49 
 
 		 292 aa  246  3e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.14 
 
 		 335 aa  240  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.7 
 
 		 307 aa  226  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.72 
 
 		 293 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  40.64 
 
 		 295 aa  221  8e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.59 
 
 		 300 aa  219  3e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 296 aa  217  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 293 aa  216  4e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 298 aa  216  5e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 298 aa  216  5e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 296 aa  215  8e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 291 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 298 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 299 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 298 aa  210  3e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  38.31 
 
 		 309 aa  209  4e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 304 aa  209  4e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1068  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 313 aa  209  4e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 305 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 298 aa  208  8e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.98 
 
 		 305 aa  208  8e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 302 aa  208  9e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 295 aa  205  9e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 302 aa  205  9e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 300 aa  203  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 298 aa  203  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  36.55 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 294 aa  201  9e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 297 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 297 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>