More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4814 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  603  1.0000000000000001e-171  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  82.27 
 
 		 300 aa  498  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  41.72 
 
 		 297 aa  216  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 310 aa  212  7.999999999999999e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 306 aa  209  4e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 311 aa  206  3e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 335 aa  206  4e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 322 aa  206  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.84 
 
 		 302 aa  205  6e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.84 
 
 		 307 aa  205  8e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 317 aa  204  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.3 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.31 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 295 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 293 aa  200  3e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 298 aa  199  5e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 303 aa  199  7e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 295 aa  196  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 399 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 298 aa  195  9e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 304 aa  195  9e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.13 
 
 		 289 aa  193  3e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  42.2 
 
 		 325 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 303 aa  193  4e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 		 299 aa  192  5e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 295 aa  192  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 307 aa  192  8e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 308 aa  192  8e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  33.79 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  41.29 
 
 		 324 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 311 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1337  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  189  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  38.38 
 
 		 308 aa  189  4e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.86 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 295 aa  189  5e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  35.03 
 
 		 310 aa  189  7e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 313 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.2 
 
 		 295 aa  187  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 301 aa  187  1e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 310 aa  187  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 316 aa  187  2e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  36.05 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  40.94 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 322 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.41 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3500  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 298 aa  186  5e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.963487  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 289 aa  186  6e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 328 aa  185  6e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 309 aa  185  8e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 301 aa  185  9e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0981  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  39.21 
 
 		 305 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6165  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.516449  normal  0.771556 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 310 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  42.24 
 
 		 313 aa  182  6e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  40.83 
 
 		 302 aa  182  6e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 310 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>