More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3500 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3500  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  610  9.999999999999999e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.963487  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1663  transcriptional regulator, LysR family  66.78 
 
 		 299 aa  414  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.459085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4077  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 		 299 aa  413  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5109  transcriptional regulator LysR family  64.09 
 
 		 299 aa  405  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  35.29 
 
 		 310 aa  182  7e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 299 aa  182  7e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 310 aa  177  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6200  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 294 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 328 aa  169  5e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  34.6 
 
 		 297 aa  168  9e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2586  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 295 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2712  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  33.68 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 310 aa  163  3e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3293  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 337 aa  163  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.352846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2661  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 295 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.583907  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2050  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 295 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33.45 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  162  6e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2690  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 295 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 301 aa  162  7e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 303 aa  162  7e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.99 
 
 		 298 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 294 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 301 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  33.9 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5503  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 323 aa  159  7e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 298 aa  159  7e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 308 aa  159  8e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 322 aa  159  8e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 300 aa  159  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 313 aa  158  9e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 313 aa  157  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.41 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0593  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 303 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0686  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 303 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.866247  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.75 
 
 		 295 aa  156  4e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 303 aa  155  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 313 aa  155  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 302 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 302 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 307 aa  155  8e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 302 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 302 aa  155  8e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  31.86 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1984  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.74358  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4434  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.774237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1711  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.530913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 320 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5481  transcriptional regulator LysR family  31.42 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0288918  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  31.21 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 297 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 307 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 305 aa  152  7e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 298 aa  152  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1665  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 296 aa  152  8e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  30.85 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>