More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1434 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  610  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 300 aa  249  4e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  45.52 
 
 		 293 aa  248  9e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  43.84 
 
 		 297 aa  246  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  46.02 
 
 		 305 aa  242  3.9999999999999997e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  43.64 
 
 		 295 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 296 aa  234  9e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 296 aa  232  5e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  44.52 
 
 		 293 aa  232  7.000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 310 aa  231  1e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 299 aa  229  4e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 313 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 305 aa  229  5e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 294 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 303 aa  228  9e-59  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 306 aa  228  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 		 335 aa  227  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 298 aa  225  6e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 294 aa  225  6e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 295 aa  224  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  42.09 
 
 		 307 aa  223  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 		 301 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 316 aa  223  4e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 301 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40.61 
 
 		 299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  39.52 
 
 		 303 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 301 aa  220  3e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 294 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.41 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 302 aa  216  5e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  39.06 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 296 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  39.13 
 
 		 309 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 311 aa  211  1e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 399 aa  210  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 322 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 302 aa  209  6e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 300 aa  207  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3332  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 307 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0789426  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  38.72 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 322 aa  206  3e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  40.4 
 
 		 308 aa  205  8e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1083  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 305 aa  205  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.94 
 
 		 304 aa  205  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  38.1 
 
 		 302 aa  203  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 302 aa  203  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 299 aa  202  4e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 315 aa  202  8e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 306 aa  201  9e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  43.71 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 304 aa  200  3e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.2 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1958  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3293  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 337 aa  199  5e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.352846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.19 
 
 		 318 aa  199  7e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  43.01 
 
 		 313 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 308 aa  198  9e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  39.86 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  36.7 
 
 		 289 aa  196  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 328 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>