More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2152 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  100 
 
 		 313 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  98.4 
 
 		 313 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  96.17 
 
 		 313 aa  558  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  75.91 
 
 		 302 aa  414  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 301 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  71.52 
 
 		 322 aa  404  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  60.54 
 
 		 302 aa  347  1e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1284  LysR family transcriptional regulator  61.39 
 
 		 315 aa  342  7e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.821306  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  59.59 
 
 		 304 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  59.25 
 
 		 311 aa  330  3e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  56.11 
 
 		 324 aa  328  6e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  55.08 
 
 		 307 aa  328  7e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  58.92 
 
 		 304 aa  328  7e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  57.91 
 
 		 302 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 307 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  55.45 
 
 		 307 aa  326  3e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 310 aa  322  4e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 310 aa  322  4e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  55.12 
 
 		 310 aa  322  6e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  52.6 
 
 		 325 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  58.59 
 
 		 299 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0786  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 		 301 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0981  transcriptional regulator, LysR family  59.25 
 
 		 307 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1169  transcriptional regulator, LysR family  53.47 
 
 		 308 aa  306  3e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2812  LysR family transcriptional regulator  54.97 
 
 		 305 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.110516 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  53.42 
 
 		 308 aa  301  1e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 305 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 305 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 305 aa  285  8e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 305 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 305 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 305 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 305 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  54.15 
 
 		 305 aa  280  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  52.16 
 
 		 305 aa  277  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 305 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3233  LysR family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 310 aa  220  3e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 306 aa  219  5e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 335 aa  216  4e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  40.42 
 
 		 302 aa  216  5e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 311 aa  216  5e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  42.25 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.37 
 
 		 307 aa  212  5.999999999999999e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 301 aa  211  9e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 294 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.7 
 
 		 299 aa  202  5e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 309 aa  202  8e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 313 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  40.56 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 322 aa  200  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 298 aa  199  7e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 309 aa  199  7e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 304 aa  199  7e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.91 
 
 		 302 aa  198  9e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  39.74 
 
 		 308 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 299 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  39.4 
 
 		 298 aa  196  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 299 aa  195  9e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 298 aa  193  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 313 aa  192  8e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 293 aa  189  4e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 304 aa  189  4e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 301 aa  189  5.999999999999999e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 310 aa  189  7e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  45.2 
 
 		 300 aa  188  8e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  36.09 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  37.15 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 296 aa  186  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 308 aa  187  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>