More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1560 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  611  9.999999999999999e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  60.87 
 
 		 302 aa  382  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  57.86 
 
 		 325 aa  343  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  55.45 
 
 		 307 aa  334  1e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 310 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 310 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 310 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 324 aa  333  3e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 307 aa  331  8e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1169  transcriptional regulator, LysR family  55.05 
 
 		 308 aa  329  4e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2812  LysR family transcriptional regulator  56.29 
 
 		 305 aa  328  5.0000000000000004e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.110516 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  55.85 
 
 		 301 aa  326  3e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 322 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1284  LysR family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 315 aa  325  5e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.821306  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  56.44 
 
 		 302 aa  318  9e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  55.74 
 
 		 313 aa  315  8e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  55.08 
 
 		 313 aa  311  1e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  54.43 
 
 		 313 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  52.01 
 
 		 304 aa  305  5.0000000000000004e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 308 aa  299  5e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 302 aa  295  6e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 311 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  48.99 
 
 		 299 aa  288  7e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  48.86 
 
 		 304 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3233  LysR family transcriptional regulator  49.01 
 
 		 308 aa  285  8e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 305 aa  278  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  48.34 
 
 		 305 aa  275  8e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  48.34 
 
 		 305 aa  275  8e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  48.01 
 
 		 305 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  49.34 
 
 		 305 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  48.01 
 
 		 305 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  48.01 
 
 		 305 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  48.01 
 
 		 305 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  48.01 
 
 		 305 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0981  transcriptional regulator, LysR family  49.15 
 
 		 307 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0786  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 301 aa  262  6e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  44.88 
 
 		 305 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 311 aa  239  4e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  40.68 
 
 		 308 aa  226  3e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  43.01 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 306 aa  219  6e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.21 
 
 		 305 aa  212  7.999999999999999e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  211  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 313 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 294 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 310 aa  209  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 309 aa  208  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.46 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.93 
 
 		 307 aa  206  4e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17760  Transcriptional regulator, LysR family  41.41 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4540  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.438902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 335 aa  203  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  39.93 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 298 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 308 aa  202  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 294 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 294 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  41.06 
 
 		 298 aa  202  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 294 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 301 aa  202  8e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.26 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.49 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 295 aa  200  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 322 aa  199  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.24 
 
 		 300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  35.86 
 
 		 301 aa  199  5e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 301 aa  199  6e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 300 aa  198  9e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 298 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.41 
 
 		 302 aa  196  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 301 aa  195  7e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>