More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4504 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  604  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  92.03 
 
 		 311 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0786  LysR family transcriptional regulator  85.05 
 
 		 301 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  81.4 
 
 		 304 aa  491  9.999999999999999e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0981  transcriptional regulator, LysR family  87.76 
 
 		 307 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  80.46 
 
 		 302 aa  488  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  68.58 
 
 		 299 aa  424  1e-117  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 305 aa  332  3e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 305 aa  332  3e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 305 aa  332  5e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  56.07 
 
 		 305 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  55.26 
 
 		 305 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  55.26 
 
 		 305 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  55.92 
 
 		 305 aa  329  4e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  55.92 
 
 		 305 aa  325  4.0000000000000003e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  60.27 
 
 		 322 aa  325  6e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  56.42 
 
 		 305 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  58.48 
 
 		 301 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  59.59 
 
 		 313 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  58.9 
 
 		 302 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  59.59 
 
 		 313 aa  311  1e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  53.54 
 
 		 305 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  59.59 
 
 		 313 aa  310  2e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  54.42 
 
 		 302 aa  308  1.0000000000000001e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1284  LysR family transcriptional regulator  52.74 
 
 		 315 aa  297  2e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.821306  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  51.68 
 
 		 307 aa  288  6e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  48.86 
 
 		 307 aa  288  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  51.68 
 
 		 324 aa  287  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 310 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 307 aa  281  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 310 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 310 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 325 aa  280  3e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2812  LysR family transcriptional regulator  53.56 
 
 		 305 aa  279  5e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.110516 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 308 aa  274  1.0000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1169  transcriptional regulator, LysR family  51.69 
 
 		 308 aa  273  2.0000000000000002e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 296 aa  229  5e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 298 aa  229  5e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 298 aa  228  9e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 295 aa  226  3e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.45 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  42.12 
 
 		 335 aa  224  2e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  41.24 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 310 aa  220  3e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.18 
 
 		 305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  44.28 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 299 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  35.12 
 
 		 309 aa  210  3e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3233  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 308 aa  210  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 302 aa  209  7e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 299 aa  208  8e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  43.2 
 
 		 293 aa  207  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 313 aa  208  1e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 319 aa  205  7e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  39.39 
 
 		 297 aa  205  8e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 305 aa  203  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 294 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.54 
 
 		 302 aa  202  4e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 301 aa  202  7e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.97 
 
 		 295 aa  201  9e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 322 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 302 aa  199  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 309 aa  199  5e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  42.14 
 
 		 301 aa  199  6e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 306 aa  198  9e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 305 aa  198  9e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 294 aa  198  9e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  44.07 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 295 aa  197  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 297 aa  197  3e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 296 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 309 aa  196  4.0000000000000005e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40.8 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>