More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0743 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  616  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  80.79 
 
 		 302 aa  490  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  63.33 
 
 		 324 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  60.93 
 
 		 313 aa  372  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  61 
 
 		 313 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  60.47 
 
 		 313 aa  367  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  63.42 
 
 		 318 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  62.84 
 
 		 317 aa  364  1e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 		 313 aa  360  2e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  61.07 
 
 		 316 aa  352  5e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  61.07 
 
 		 316 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  61.07 
 
 		 316 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 301 aa  321  9.999999999999999e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 301 aa  305  6e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 297 aa  298  1e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.33 
 
 		 304 aa  271  9e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 		 298 aa  271  9e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  44.26 
 
 		 298 aa  267  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 306 aa  262  4e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 310 aa  262  6e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 305 aa  262  6e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 309 aa  259  4e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 298 aa  255  6e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1718  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.239052 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 303 aa  249  5e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  44.67 
 
 		 335 aa  249  5e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1437  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.21 
 
 		 293 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 		 304 aa  238  1e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  44.67 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  41.67 
 
 		 306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  40.27 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 311 aa  233  2.0000000000000002e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  41.25 
 
 		 307 aa  233  3e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 362 aa  233  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 303 aa  233  4.0000000000000004e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 304 aa  232  6e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  43.19 
 
 		 305 aa  231  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 300 aa  229  5e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 300 aa  229  6e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 		 300 aa  227  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  40.74 
 
 		 301 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 301 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  42.05 
 
 		 309 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  42.05 
 
 		 309 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 298 aa  223  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  40.13 
 
 		 302 aa  223  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 295 aa  222  6e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 296 aa  222  6e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 333 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 331 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  42.35 
 
 		 309 aa  219  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 304 aa  219  5e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2459  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 304 aa  219  5e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.157929  normal  0.225626 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1847  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 310 aa  219  5e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  46.38 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4540  transcriptional regulator, LysR family  47.47 
 
 		 303 aa  219  6e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.438902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 298 aa  219  7e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 555 aa  218  7e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  40.4 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2938  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.46 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.623506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 327 aa  217  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  39.2 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1783  transcriptional regulator, LysR family  40.47 
 
 		 304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.294417 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 301 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 303 aa  216  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2258  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 303 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.206002  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2423  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 303 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 300 aa  216  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2298  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 303 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 303 aa  215  7e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>