More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0120 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  614  1e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  64.53 
 
 		 301 aa  419  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 301 aa  377  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 324 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 310 aa  298  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 302 aa  293  2e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 317 aa  288  8e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  45.27 
 
 		 318 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 313 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 313 aa  280  2e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 313 aa  279  4e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 313 aa  277  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 316 aa  272  6e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 316 aa  271  7e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 316 aa  271  7e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02668  transcriptional regulator, LysR family protein  53.71 
 
 		 231 aa  268  1e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.687867  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1437  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.02 
 
 		 293 aa  263  3e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 		 298 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 298 aa  248  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1847  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 310 aa  248  7e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 309 aa  244  9.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 306 aa  243  1.9999999999999999e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 305 aa  243  1.9999999999999999e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 310 aa  236  3e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 298 aa  232  7.000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 304 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36 
 
 		 304 aa  223  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 303 aa  222  4.9999999999999996e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  39.74 
 
 		 303 aa  222  6e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 303 aa  219  6e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2938  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.6 
 
 		 294 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.623506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.26 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.59 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.5 
 
 		 306 aa  216  5e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 315 aa  215  7e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 313 aa  215  7e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3081  transcriptional regulator, LysR family  38.25 
 
 		 307 aa  215  9e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.666211  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 313 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  36.58 
 
 		 313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2485  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 313 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.434999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1718  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 299 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.239052 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  35.79 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 312 aa  210  3e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 335 aa  209  6e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 313 aa  209  7e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 313 aa  209  7e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 313 aa  208  9e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 313 aa  208  9e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 313 aa  208  9e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 313 aa  208  9e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 313 aa  208  9e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 297 aa  208  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  36.55 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 296 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2695  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 337 aa  206  5e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.933352  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 298 aa  206  5e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 299 aa  205  6e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 298 aa  205  7e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.11 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 307 aa  203  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 307 aa  203  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2693  LysR, substrate-binding  35.45 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.426832  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  34.8 
 
 		 302 aa  202  4e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 298 aa  202  5e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  37.98 
 
 		 293 aa  202  8e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  34.9 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  37.25 
 
 		 297 aa  199  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  34.45 
 
 		 313 aa  200  3e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 288 aa  199  3e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 298 aa  199  3e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4627  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397296  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 306 aa  199  5e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0254  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 296 aa  199  6e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193331  normal  0.129991 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 298 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 302 aa  198  9e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  37.15 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 288 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  33.92 
 
 		 290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 296 aa  196  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.97 
 
 		 289 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 300 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 298 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 297 aa  193  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3476  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 293 aa  193  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0286987  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 300 aa  193  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>