More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1994 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  617  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 302 aa  225  7e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 299 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  40.13 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  40.47 
 
 		 306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  38.51 
 
 		 307 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 298 aa  212  5.999999999999999e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  37.84 
 
 		 309 aa  212  7.999999999999999e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 362 aa  210  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.26 
 
 		 304 aa  209  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 313 aa  208  8e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 307 aa  205  6e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 307 aa  205  6e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 301 aa  201  9e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 307 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 		 310 aa  200  3e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 310 aa  200  3e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 309 aa  199  5e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 304 aa  199  6e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 313 aa  199  6e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 314 aa  197  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 311 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3341  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4825  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 301 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3068  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 338 aa  196  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.254873  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2821  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 306 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0445002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 301 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 304 aa  195  7e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  38.11 
 
 		 310 aa  195  7e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 304 aa  195  7e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 301 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4174  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 293 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.86 
 
 		 307 aa  195  9e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 307 aa  195  9e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  36.49 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 312 aa  194  1e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 331 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 300 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29440  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 312 aa  194  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  38.57 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 331 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  37.07 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 304 aa  193  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 309 aa  193  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1765  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 298 aa  193  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.389128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 299 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 306 aa  193  4e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 324 aa  192  4e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06494  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 307 aa  193  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 323 aa  192  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  39.46 
 
 		 309 aa  192  7e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.68 
 
 		 306 aa  192  8e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 327 aa  192  8e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 327 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 301 aa  192  9e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2913  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 295 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 325 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 325 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3697  LysR family transcriptional regulator  36.83 
 
 		 321 aa  191  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  38.41 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.23 
 
 		 311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.7 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>