More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2713 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  649    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  53.18 
 
 		 299 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  55.18 
 
 		 354 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  55.03 
 
 		 304 aa  323  3e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  52.67 
 
 		 306 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  52.33 
 
 		 306 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  52.48 
 
 		 304 aa  311  6.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  52.48 
 
 		 304 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.16 
 
 		 307 aa  296  3e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  52.2 
 
 		 309 aa  290  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  47.59 
 
 		 299 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 307 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  47.96 
 
 		 319 aa  280  2e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 296 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 296 aa  278  7e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 319 aa  276  3e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 307 aa  275  6e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 309 aa  275  8e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 309 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 301 aa  273  3e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 310 aa  272  7e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 300 aa  271  7e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 307 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 302 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 304 aa  269  5e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 296 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 307 aa  264  1e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  48.65 
 
 		 321 aa  263  2e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  41.28 
 
 		 299 aa  257  2e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  42.76 
 
 		 307 aa  256  5e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.9 
 
 		 311 aa  253  3e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  42.96 
 
 		 309 aa  253  3e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 302 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  41.23 
 
 		 307 aa  252  7e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 308 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  45.67 
 
 		 301 aa  249  5e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 323 aa  248  7e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  46.21 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 308 aa  246  4e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  44.15 
 
 		 331 aa  240  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 310 aa  241  2e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 305 aa  241  2e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 308 aa  239  5e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 309 aa  239  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  43.81 
 
 		 331 aa  236  4e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 309 aa  235  6e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 341 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  43.3 
 
 		 327 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 327 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 310 aa  230  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 310 aa  229  5e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 325 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 325 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 310 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  37.24 
 
 		 311 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 304 aa  219  3e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 304 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  38.38 
 
 		 302 aa  216  5.9999999999999996e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 303 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 302 aa  209  5e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 305 aa  208  8e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 324 aa  205  8e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.54 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 303 aa  199  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 320 aa  199  7.999999999999999e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.23 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.33 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 301 aa  193  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 301 aa  192  7e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06494  transcriptional regulator  38.34 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 309 aa  189  5e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 307 aa  189  7e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>