More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0408 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
305 aa  626  1e-178  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  99.34 
 
 
305 aa  622  1e-177  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  96.72 
 
 
310 aa  594  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  94.65 
 
 
309 aa  553  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  89.97 
 
 
308 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  89.97 
 
 
308 aa  544  1e-154  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  89.3 
 
 
308 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  90.3 
 
 
308 aa  546  1e-154  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  88.96 
 
 
309 aa  534  1e-151  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 
300 aa  434  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  67.24 
 
 
301 aa  436  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  66.44 
 
 
304 aa  426  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  64.21 
 
 
307 aa  419  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  61.86 
 
 
319 aa  372  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  51.8 
 
 
307 aa  342  2.9999999999999997e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  48.44 
 
 
302 aa  306  2.0000000000000002e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 
323 aa  301  7.000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 
304 aa  301  7.000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 
306 aa  298  5e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  49.83 
 
 
306 aa  298  8e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  45.33 
 
 
299 aa  298  8e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 
311 aa  297  2e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.34 
 
 
307 aa  296  4e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  51.97 
 
 
309 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  46.43 
 
 
320 aa  286  2.9999999999999996e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  43 
 
 
311 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  48.12 
 
 
304 aa  279  4e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 
307 aa  277  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  47.78 
 
 
304 aa  276  3e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 
299 aa  271  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  46.44 
 
 
319 aa  266  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 
310 aa  266  4e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 
302 aa  265  5e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 
302 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  43.45 
 
 
307 aa  265  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 
299 aa  263  3e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 
313 aa  260  3e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 
324 aa  259  4e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  45.24 
 
 
321 aa  256  4e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 
354 aa  256  4e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  41.38 
 
 
309 aa  255  5e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 
296 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 
296 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 
296 aa  248  6e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 
309 aa  247  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 
307 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 
309 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 
307 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 
323 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.21 
 
 
311 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 
301 aa  230  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  40.3 
 
 
304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  40.22 
 
 
331 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 
309 aa  211  9e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 
331 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 
305 aa  209  4e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 
327 aa  205  9e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 
327 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 
303 aa  202  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
303 aa  200  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
304 aa  200  3e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1420  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 
211 aa  198  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.770205  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 
303 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 
303 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 
341 aa  192  5e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4032  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 
308 aa  192  6e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
310 aa  192  7e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
310 aa  190  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 
307 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 
307 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
307 aa  188  8e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
310 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
310 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
310 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
310 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
310 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
310 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
310 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
310 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
310 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 
303 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
302 aa  185  7e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
299 aa  185  7e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
302 aa  183  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
310 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
307 aa  182  8.000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
308 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 
304 aa  181  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
304 aa  181  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  39.21 
 
 
310 aa  180  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 
308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 
311 aa  179  4.999999999999999e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 
289 aa  177  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
314 aa  178  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 
304 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>