More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0336 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  626  1e-178  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  68.81 
 
 		 301 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  68.33 
 
 		 304 aa  443  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  67.8 
 
 		 300 aa  436  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  64.45 
 
 		 310 aa  409  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  63.79 
 
 		 305 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  65.33 
 
 		 308 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  63.79 
 
 		 305 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  65 
 
 		 308 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  65.78 
 
 		 309 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  64.78 
 
 		 309 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  64.67 
 
 		 308 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  64.67 
 
 		 308 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 319 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  49.67 
 
 		 307 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  44.33 
 
 		 302 aa  287  1e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 304 aa  286  4e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  50.17 
 
 		 306 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 306 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 299 aa  276  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.86 
 
 		 307 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  47.3 
 
 		 304 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 310 aa  271  1e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 302 aa  271  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  47.3 
 
 		 304 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 323 aa  269  4e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  41.86 
 
 		 299 aa  269  5e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 311 aa  267  2e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 307 aa  263  2e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 313 aa  264  2e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  41.16 
 
 		 311 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 299 aa  258  6e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  40.66 
 
 		 309 aa  256  4e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 354 aa  255  7e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  47.39 
 
 		 309 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  44.33 
 
 		 319 aa  251  7e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 323 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 320 aa  250  3e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  46.44 
 
 		 307 aa  248  6e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 302 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 324 aa  242  5e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 296 aa  237  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 307 aa  230  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.94 
 
 		 311 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 307 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 309 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 309 aa  225  8e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  43.12 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  40.22 
 
 		 331 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  40.22 
 
 		 331 aa  210  3e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 327 aa  206  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 305 aa  207  3e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 		 327 aa  206  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 309 aa  202  5e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 304 aa  202  5e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 341 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 303 aa  199  6e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 310 aa  198  7e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 303 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 310 aa  192  6e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1420  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 211 aa  191  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.770205  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 325 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 325 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 308 aa  186  3e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  34.04 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 310 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 310 aa  185  8e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 310 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 310 aa  185  8e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 310 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 310 aa  185  8e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 302 aa  182  7e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 331 aa  182  8.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0702  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0727527 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2313  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 304 aa  178  8e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4032  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 308 aa  178  8e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.11 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.65 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>