More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_3956 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  632  1e-180  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  97.67 
 
 		 308 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  96.33 
 
 		 308 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  94.67 
 
 		 308 aa  563  1e-160  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  94 
 
 		 308 aa  559  1e-158  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  88.96 
 
 		 309 aa  536  1e-151  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  88.96 
 
 		 305 aa  533  1e-150  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  87.04 
 
 		 310 aa  528  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  88.29 
 
 		 305 aa  530  1e-149  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  68.03 
 
 		 301 aa  432  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  67.35 
 
 		 300 aa  431  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  68.03 
 
 		 304 aa  424  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  64.78 
 
 		 307 aa  411  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 319 aa  367  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  50.49 
 
 		 307 aa  332  5e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  47 
 
 		 302 aa  306  3e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 304 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  46.1 
 
 		 299 aa  301  9e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 306 aa  293  3e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  49.83 
 
 		 306 aa  292  6e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  43.83 
 
 		 311 aa  291  1e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 323 aa  291  1e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.03 
 
 		 307 aa  286  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  42.35 
 
 		 311 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  52.04 
 
 		 309 aa  278  6e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  44.09 
 
 		 320 aa  273  3e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  43.99 
 
 		 307 aa  271  1e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  48.05 
 
 		 307 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 313 aa  263  2e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  46.58 
 
 		 304 aa  260  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  42.27 
 
 		 309 aa  259  4e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  46.42 
 
 		 304 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 299 aa  258  6e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 302 aa  258  1e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 310 aa  257  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 302 aa  252  7e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 296 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  42.62 
 
 		 319 aa  250  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 324 aa  248  1e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 299 aa  246  4e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  43.54 
 
 		 321 aa  243  1.9999999999999999e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 354 aa  242  6e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 307 aa  241  9e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 296 aa  238  8e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 323 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 309 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 309 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  43.33 
 
 		 301 aa  229  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.48 
 
 		 311 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 331 aa  206  6e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  38.77 
 
 		 331 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 309 aa  204  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 327 aa  193  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 304 aa  192  5e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 327 aa  191  9e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1420  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 211 aa  191  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.770205  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 341 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 310 aa  186  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 310 aa  185  8e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4032  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 308 aa  185  9e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 307 aa  182  6e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 307 aa  182  6e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 304 aa  179  7e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 304 aa  179  7e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 310 aa  178  9e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 325 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 325 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 311 aa  172  6.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 303 aa  170  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>