More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01965 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 302 aa  629  1e-179  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  61.43 
 
 		 311 aa  418  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  63.55 
 
 		 311 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  58.96 
 
 		 320 aa  375  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 301 aa  299  5e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 300 aa  298  6e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  48.79 
 
 		 305 aa  298  8e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 308 aa  296  2e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 305 aa  296  2e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 309 aa  296  4e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 304 aa  296  4e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 319 aa  295  5e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 324 aa  295  8e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  46.74 
 
 		 308 aa  294  1e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 310 aa  294  1e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 308 aa  294  2e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 309 aa  289  3e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 308 aa  288  1e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 307 aa  287  1e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  45.87 
 
 		 307 aa  280  2e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  39.66 
 
 		 299 aa  259  4e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 304 aa  258  6e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 323 aa  255  5e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 310 aa  255  8e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.61 
 
 		 307 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1420  LysR family transcriptional regulator  53.44 
 
 		 211 aa  238  1e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.770205  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 299 aa  236  4e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 302 aa  235  8e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  40.2 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  37.17 
 
 		 307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 309 aa  233  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 296 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 313 aa  229  4e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 296 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  36.18 
 
 		 309 aa  228  1e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 304 aa  225  8e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  38.36 
 
 		 319 aa  223  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 307 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.75 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  36.91 
 
 		 321 aa  215  9e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 331 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 331 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 354 aa  209  3e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 303 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 303 aa  208  8e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 307 aa  208  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 323 aa  207  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 303 aa  206  5e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 309 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 307 aa  199  7e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 304 aa  192  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 299 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 325 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 325 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 341 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 310 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 310 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 310 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 310 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 310 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 310 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 327 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 327 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 304 aa  169  7e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4032  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01803  transcriptional regulator, LysR family protein  48.23 
 
 		 175 aa  163  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.290119  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  32.68 
 
 		 309 aa  162  6e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3341  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 293 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4825  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 293 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 307 aa  162  9e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 307 aa  162  9e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2913  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 305 aa  161  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3269  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4174  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.34 
 
 		 306 aa  159  7e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5128  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 295 aa  158  9e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.467029 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>