More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1440 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 324 aa  665    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  48.4 
 
 		 311 aa  324  2e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 320 aa  320  3e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  47.27 
 
 		 311 aa  320  3e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  45.36 
 
 		 302 aa  295  9e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 300 aa  257  2e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 301 aa  256  4e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  41.56 
 
 		 307 aa  256  5e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 305 aa  249  6e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 308 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 305 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 310 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  40.72 
 
 		 308 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 307 aa  242  5e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 319 aa  241  1e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 309 aa  239  5e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 323 aa  238  9e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 309 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01803  transcriptional regulator, LysR family protein  60.59 
 
 		 175 aa  238  1e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.290119  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 308 aa  236  3e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  37.92 
 
 		 299 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 308 aa  233  5e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1420  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 211 aa  220  3e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.770205  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 310 aa  213  3.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 302 aa  212  5.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.97 
 
 		 307 aa  212  9e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 304 aa  210  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 309 aa  209  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 306 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  35.76 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 299 aa  204  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  34.67 
 
 		 307 aa  203  4e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 302 aa  203  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 296 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  34.11 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.05 
 
 		 311 aa  199  7e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 307 aa  199  7e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 304 aa  196  7e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 304 aa  195  9e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 309 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 323 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  34.37 
 
 		 319 aa  190  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 354 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 341 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 303 aa  182  6e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  35.67 
 
 		 321 aa  182  9.000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 310 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 303 aa  178  9e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  37.09 
 
 		 331 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  36.2 
 
 		 331 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 327 aa  175  8e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 327 aa  175  9e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 310 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 310 aa  169  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.75 
 
 		 307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 298 aa  159  7e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 304 aa  156  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 326 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  30.61 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 299 aa  150  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3269  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 296 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.78 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 302 aa  149  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>