More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1435 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 311 aa  632  1e-180  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  64.26 
 
 		 296 aa  391  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  63.97 
 
 		 307 aa  386  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  62.16 
 
 		 296 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  62.16 
 
 		 296 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  63.46 
 
 		 319 aa  372  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  58.71 
 
 		 307 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  58.71 
 
 		 309 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  58.39 
 
 		 309 aa  359  3e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  59.81 
 
 		 321 aa  357  9.999999999999999e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  55.82 
 
 		 304 aa  310  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.64 
 
 		 307 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  55.18 
 
 		 309 aa  301  7.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  53.45 
 
 		 307 aa  295  9e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  51.24 
 
 		 306 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  51.24 
 
 		 306 aa  280  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 299 aa  275  8e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 310 aa  263  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 302 aa  255  7e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  44.82 
 
 		 299 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  46.2 
 
 		 304 aa  243  3e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  46.53 
 
 		 304 aa  242  6e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 300 aa  241  1e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 323 aa  241  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 302 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 304 aa  235  6e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 301 aa  235  6e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 354 aa  235  7e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 307 aa  231  9e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  39.54 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 		 331 aa  230  3e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 305 aa  229  4e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 		 331 aa  229  6e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  40 
 
 		 309 aa  228  1e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  44.15 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 310 aa  226  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  41.18 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 308 aa  222  6e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 313 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 		 308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  38.21 
 
 		 302 aa  219  3e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 309 aa  219  6e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 319 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 323 aa  213  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  43.06 
 
 		 301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 308 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 309 aa  210  3e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 324 aa  199  6e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 311 aa  197  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 303 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  37.02 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 320 aa  192  5e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 310 aa  192  7e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 325 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 310 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 325 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 304 aa  187  3e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 327 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 310 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 310 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 310 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 310 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 310 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 310 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 327 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.99 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 341 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.88 
 
 		 311 aa  175  9e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 314 aa  172  9e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2836  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 318 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 302 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 320 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 298 aa  165  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  35.5 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6200  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 309 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0670  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 312 aa  162  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06494  transcriptional regulator  33.92 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 347 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>