More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3788 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  620  1e-177  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  61.97 
 
 		 302 aa  378  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  54.87 
 
 		 304 aa  317  1e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 306 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  53.9 
 
 		 306 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 302 aa  298  1e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  51.51 
 
 		 299 aa  293  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.84 
 
 		 307 aa  291  8e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  46.28 
 
 		 309 aa  287  2e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  53.64 
 
 		 304 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  53.31 
 
 		 304 aa  286  5e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 299 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 313 aa  280  2e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  49.83 
 
 		 319 aa  280  2e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  44.26 
 
 		 307 aa  280  2e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  49.36 
 
 		 307 aa  278  6e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  51.95 
 
 		 309 aa  278  9e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 		 301 aa  277  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 304 aa  276  4e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 319 aa  275  7e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  51.99 
 
 		 354 aa  275  8e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 300 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  51.14 
 
 		 307 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 307 aa  271  1e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  48.36 
 
 		 296 aa  267  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 296 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  49.03 
 
 		 321 aa  265  5.999999999999999e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49 
 
 		 311 aa  262  6e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 307 aa  261  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 323 aa  259  3e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 305 aa  258  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 308 aa  256  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 305 aa  255  5e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  41.14 
 
 		 302 aa  255  8e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  45.21 
 
 		 308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 310 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 296 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 309 aa  248  8e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 308 aa  248  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 311 aa  247  2e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 309 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 309 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  43.89 
 
 		 308 aa  244  9e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 309 aa  245  9e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 323 aa  243  1.9999999999999999e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 307 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  46.43 
 
 		 331 aa  241  7.999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  46.43 
 
 		 331 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  45.13 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  39.2 
 
 		 299 aa  238  1e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 320 aa  235  8e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  38.49 
 
 		 311 aa  233  3e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 310 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 310 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 310 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 325 aa  228  7e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 325 aa  228  7e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  43.23 
 
 		 327 aa  226  6e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 327 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 310 aa  223  4e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 304 aa  222  6e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 310 aa  221  8e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 309 aa  219  6e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 303 aa  216  5e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 324 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 302 aa  211  9e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 303 aa  210  3e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 303 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 310 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 310 aa  208  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 310 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 310 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 310 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 310 aa  208  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 310 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 341 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 303 aa  199  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.3 
 
 		 311 aa  195  1e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.4 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.01 
 
 		 306 aa  189  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6200  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 309 aa  187  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0670  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 333 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3269  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0246  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 308 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06494  transcriptional regulator  35.88 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>