More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0396 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  619  1e-176  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  75.34 
 
 		 301 aa  476  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  74.66 
 
 		 300 aa  473  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  68.33 
 
 		 307 aa  443  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  68.26 
 
 		 308 aa  418  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  67.92 
 
 		 308 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  66.11 
 
 		 310 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  66.44 
 
 		 305 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  66.44 
 
 		 305 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  68.03 
 
 		 309 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  66.01 
 
 		 308 aa  412  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  68.26 
 
 		 309 aa  410  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  67.58 
 
 		 308 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 319 aa  332  4e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  51.79 
 
 		 307 aa  330  2e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 304 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.53 
 
 		 307 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 306 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  50.34 
 
 		 306 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  45.36 
 
 		 302 aa  296  4e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  44.15 
 
 		 299 aa  287  2e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 307 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 323 aa  285  7e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 309 aa  278  6e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  48.84 
 
 		 304 aa  278  8e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 311 aa  276  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  48.5 
 
 		 304 aa  276  3e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 310 aa  276  4e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 299 aa  275  7e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  44.82 
 
 		 302 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 299 aa  265  8e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 320 aa  264  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  44.86 
 
 		 319 aa  263  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 302 aa  258  9e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 354 aa  258  1e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  41.55 
 
 		 311 aa  256  4e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 323 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 324 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 313 aa  251  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  40.94 
 
 		 307 aa  250  2e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 307 aa  249  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  40.82 
 
 		 309 aa  246  4e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 296 aa  245  6e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 296 aa  245  6e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  41.95 
 
 		 321 aa  243  3.9999999999999997e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.6 
 
 		 311 aa  235  6e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 307 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 309 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 309 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  42.39 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 327 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 304 aa  209  5e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 331 aa  207  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 327 aa  206  4e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 331 aa  206  5e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 309 aa  204  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 304 aa  202  4e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 305 aa  203  4e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 310 aa  202  6e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 310 aa  202  6e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 310 aa  202  7e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 310 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 341 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 310 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 325 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 325 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 310 aa  189  7e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 310 aa  189  7e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 310 aa  189  7e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 310 aa  189  7e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 310 aa  189  7e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 310 aa  189  7e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.63 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 302 aa  186  6e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  35.36 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1420  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 211 aa  182  7e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.770205  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3341  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 293 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4825  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 293 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 292 aa  177  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.4 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2913  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4174  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 293 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 362 aa  177  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 289 aa  176  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>