More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0266 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  600  1.0000000000000001e-171  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  85.42 
 
 		 289 aa  541  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  85.47 
 
 		 289 aa  541  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  86.81 
 
 		 292 aa  540  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  83.68 
 
 		 289 aa  532  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  67.82 
 
 		 302 aa  441  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  68.18 
 
 		 295 aa  417  1e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  66.32 
 
 		 292 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  66.32 
 
 		 292 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  65.28 
 
 		 292 aa  411  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  65.97 
 
 		 292 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  66.32 
 
 		 292 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  66.2 
 
 		 289 aa  409  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  65.28 
 
 		 293 aa  407  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  65.62 
 
 		 293 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  64.93 
 
 		 293 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  65.62 
 
 		 291 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  65.28 
 
 		 290 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 289 aa  396  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  65.28 
 
 		 288 aa  395  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  60.98 
 
 		 288 aa  391  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  61.32 
 
 		 288 aa  390  1e-107  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  61.11 
 
 		 289 aa  385  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  62.15 
 
 		 290 aa  386  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  60.76 
 
 		 289 aa  382  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  62.45 
 
 		 298 aa  384  1e-105  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  62.19 
 
 		 298 aa  383  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  58.89 
 
 		 290 aa  370  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 304 aa  356  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 298 aa  347  2e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 298 aa  345  6e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  55.44 
 
 		 298 aa  344  1e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 		 298 aa  343  1e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 		 298 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 298 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  54.74 
 
 		 298 aa  342  4e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  51.39 
 
 		 302 aa  333  2e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  51.39 
 
 		 302 aa  333  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 300 aa  304  1.0000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  47.52 
 
 		 292 aa  287  1e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 290 aa  277  2e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 295 aa  259  2e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  44.01 
 
 		 326 aa  259  4e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 298 aa  238  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 335 aa  238  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.83 
 
 		 293 aa  233  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 305 aa  228  6e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.62 
 
 		 305 aa  228  8e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.79 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  39.44 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 291 aa  225  9e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 295 aa  224  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 296 aa  222  6e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 303 aa  221  7e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  38.97 
 
 		 295 aa  219  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.94 
 
 		 295 aa  219  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 301 aa  219  3e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 298 aa  219  3e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 296 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 301 aa  219  6e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 303 aa  216  4e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 301 aa  215  7e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1068  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 313 aa  214  9e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 314 aa  214  9.999999999999999e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 335 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 331 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.99 
 
 		 295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 328 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  36.79 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.51 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 330 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 301 aa  212  7e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  212  7e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.79 
 
 		 299 aa  212  7e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 316 aa  211  9e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 299 aa  211  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 299 aa  211  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 294 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 304 aa  209  4e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 307 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>