More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3105 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2651  LysR family transcriptional regulator  56.7 
 
 		 301 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 300 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  39.79 
 
 		 289 aa  225  8e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 302 aa  223  4e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 292 aa  222  6e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 289 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 289 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  36.97 
 
 		 289 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  38.75 
 
 		 289 aa  219  3e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  36.97 
 
 		 289 aa  219  5e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 292 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 295 aa  216  4e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 289 aa  215  5.9999999999999996e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 298 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 298 aa  215  7e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 298 aa  215  8e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.22 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  37.24 
 
 		 290 aa  214  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 293 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 292 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  38.43 
 
 		 292 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 293 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 292 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 292 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 289 aa  211  7.999999999999999e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 291 aa  211  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  38.73 
 
 		 302 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 290 aa  211  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 293 aa  210  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.98 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 288 aa  207  1e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 288 aa  203  4e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  38.28 
 
 		 290 aa  202  5e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 296 aa  201  9e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 304 aa  200  3e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 295 aa  199  3e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  34.51 
 
 		 288 aa  199  7e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 335 aa  196  3e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  34.14 
 
 		 290 aa  196  3e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  38.19 
 
 		 292 aa  194  1e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 291 aa  194  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  37.19 
 
 		 309 aa  192  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 309 aa  192  5e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 310 aa  192  7e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.05 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 326 aa  189  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.15 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 305 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 299 aa  188  8e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 301 aa  188  8e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 293 aa  188  8e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 299 aa  188  8e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 302 aa  187  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  39.71 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2945  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.81 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.37 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  37.11 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 304 aa  185  6e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  38.99 
 
 		 298 aa  185  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 307 aa  185  9e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 297 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 298 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  36.86 
 
 		 309 aa  182  4.0000000000000006e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 298 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  39.05 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 324 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 		 304 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4936  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.13 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0600  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2713  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 319 aa  180  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 313 aa  180  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 291 aa  180  2e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 309 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>