More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2651 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2651  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  625  1e-178  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  56.7 
 
 		 293 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  40.07 
 
 		 289 aa  220  1.9999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.93 
 
 		 290 aa  208  7e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 302 aa  206  5e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  37.41 
 
 		 289 aa  205  7e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 290 aa  202  5e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 292 aa  195  6e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  36.4 
 
 		 302 aa  195  6e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 298 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  33.45 
 
 		 288 aa  194  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  33.1 
 
 		 290 aa  194  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  35.89 
 
 		 298 aa  193  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  34.15 
 
 		 290 aa  193  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 302 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.98 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  32.4 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 289 aa  191  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 292 aa  190  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 292 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 292 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.27 
 
 		 289 aa  189  5e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 303 aa  189  7e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 293 aa  189  7e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 293 aa  189  7e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 291 aa  188  8e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  188  8e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  34.69 
 
 		 309 aa  188  9e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  187  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 289 aa  185  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  37.23 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1210  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.467633  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4936  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.69 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 295 aa  176  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 295 aa  176  5e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 319 aa  176  6e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 288 aa  176  6e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 309 aa  175  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 335 aa  175  9e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 288 aa  172  6.999999999999999e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  30.98 
 
 		 328 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0080  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.98 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2713  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  34.85 
 
 		 309 aa  170  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 304 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 310 aa  169  4e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 313 aa  169  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 291 aa  169  5e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  35.36 
 
 		 291 aa  169  6e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  169  8e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2669  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  31.01 
 
 		 293 aa  168  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00829079 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 297 aa  167  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.92 
 
 		 302 aa  167  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>