More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000421 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  100 
 
 		 328 aa  685    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0183  LysR family transcriptional regulator  60.96 
 
 		 301 aa  396  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02849  transcriptional regulator  57.91 
 
 		 301 aa  358  5e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4056  LysR family substrate binding transcriptional regulator  52.53 
 
 		 299 aa  349  4e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0600  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 305 aa  340  2e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0556  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 304 aa  333  2e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4936  LysR family substrate binding transcriptional regulator  47.97 
 
 		 299 aa  325  7e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2669  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  40.56 
 
 		 293 aa  249  3e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00829079 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2140  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.747614  normal  0.186273 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 291 aa  202  8e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  35.38 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 302 aa  198  9e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 298 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 298 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.15 
 
 		 289 aa  192  7e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  191  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  37.23 
 
 		 290 aa  191  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 289 aa  190  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  33.33 
 
 		 289 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 289 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 306 aa  189  4e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.99 
 
 		 289 aa  189  4e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.66 
 
 		 298 aa  189  5e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.19 
 
 		 289 aa  189  7e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 288 aa  189  8e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 288 aa  187  1e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 319 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.93 
 
 		 290 aa  187  3e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 295 aa  186  5e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  34.41 
 
 		 290 aa  182  7e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  35.14 
 
 		 300 aa  182  9.000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 291 aa  181  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 316 aa  181  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 292 aa  181  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3233  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2618  putative HTH-type transcriptional regulator YafC  34.34 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.811729  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 293 aa  179  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 324 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  35.03 
 
 		 299 aa  179  8e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 310 aa  179  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 290 aa  177  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4625  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 331 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00069577 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 294 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 303 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 295 aa  177  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  33.8 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6313  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 317 aa  176  4e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 292 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 292 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 293 aa  175  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3048  helix-turn-helix, Fis-type  35.14 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0203224 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 359 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5256  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 359 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  32.16 
 
 		 288 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0928  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 		 291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0490463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  34.15 
 
 		 293 aa  174  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 293 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 353 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 300 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2651  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 301 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  172  9e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 296 aa  172  9e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>