More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4936 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4936  LysR family substrate binding transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  622  1e-177  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0556  LysR family transcriptional regulator  55.18 
 
 		 304 aa  360  2e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0600  LysR family transcriptional regulator  55.33 
 
 		 305 aa  355  5e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4056  LysR family substrate binding transcriptional regulator  53.85 
 
 		 299 aa  349  3e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  47.97 
 
 		 328 aa  325  6e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0183  LysR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 301 aa  310  2e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02849  transcriptional regulator  46.13 
 
 		 301 aa  276  2e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2669  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.11 
 
 		 293 aa  236  5.0000000000000005e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00829079 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2140  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 298 aa  229  6e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.747614  normal  0.186273 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  34.13 
 
 		 293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.51 
 
 		 290 aa  188  8e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  186  4e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 292 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 292 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 293 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 293 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 319 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 293 aa  180  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 295 aa  180  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 291 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 303 aa  179  7e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 327 aa  179  7e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  34.27 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 289 aa  177  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 298 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2651  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 327 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 327 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.47 
 
 		 307 aa  176  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  31.82 
 
 		 289 aa  176  5e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 294 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 294 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 304 aa  175  7e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 310 aa  175  7e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  31.8 
 
 		 289 aa  175  8e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 295 aa  175  9e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 300 aa  175  9e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  31.34 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 288 aa  173  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 302 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  37.8 
 
 		 300 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 296 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  31.01 
 
 		 290 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  32.62 
 
 		 288 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 300 aa  172  7.999999999999999e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 362 aa  172  7.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 316 aa  172  9e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 294 aa  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 296 aa  172  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 288 aa  171  1e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 321 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 289 aa  171  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1356  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 314 aa  170  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>