More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0080 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0080  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 303 aa  615  1e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  75.42 
 
 		 308 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  73 
 
 		 303 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  67.79 
 
 		 310 aa  418  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  67.79 
 
 		 321 aa  419  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3893  putative transcriptional regulator  70.1 
 
 		 317 aa  417  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  67.45 
 
 		 310 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4143  transcriptional regulator, LysR family  62.71 
 
 		 303 aa  395  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.132565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3413  LysR family transcriptional regulator  65.44 
 
 		 306 aa  390  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2283  LysR family transcriptional regulator  60.6 
 
 		 306 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.95602  normal  0.350255 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4125  LysR family transcriptional regulator  62.71 
 
 		 303 aa  380  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  61.39 
 
 		 303 aa  380  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  58.67 
 
 		 306 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7099  LysR family transcriptional regulator  62.67 
 
 		 303 aa  368  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3226  LysR family transcriptional regulator  59.67 
 
 		 309 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  55.03 
 
 		 323 aa  351  1e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2436  LysR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 337 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399633  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1678  transcriptional regulator, LysR family  44.67 
 
 		 305 aa  271  9e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5031  LysR family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 302 aa  269  4e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.810251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3189  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 302 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.77747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6313  transcriptional regulator, LysR family  43.25 
 
 		 317 aa  242  5e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  37.59 
 
 		 289 aa  195  9e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 327 aa  193  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 324 aa  193  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  36.88 
 
 		 288 aa  193  4e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 310 aa  192  6e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 307 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  38.97 
 
 		 295 aa  189  5e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 292 aa  189  5e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 300 aa  189  7e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 289 aa  188  8e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 324 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 428 aa  188  8e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 415 aa  188  8e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  35.66 
 
 		 435 aa  188  8e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 325 aa  188  8e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 324 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 324 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  37.23 
 
 		 289 aa  187  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 293 aa  188  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 324 aa  187  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 303 aa  188  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  36.17 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.33 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  35.92 
 
 		 290 aa  187  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 334 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 344 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 334 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.39 
 
 		 290 aa  186  3e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 334 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 292 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 289 aa  186  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 307 aa  186  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 322 aa  186  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 300 aa  186  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 301 aa  186  5e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 293 aa  186  5e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 292 aa  185  6e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 292 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  35.46 
 
 		 289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 298 aa  185  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 294 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 294 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  36.21 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>