More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_6313 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_6313  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 317 aa  636    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 303 aa  264  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 		 308 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 303 aa  258  8e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1678  transcriptional regulator, LysR family  45.05 
 
 		 305 aa  256  3e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2436  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 337 aa  256  4e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399633  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5031  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.810251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3413  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 306 aa  247  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3189  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 302 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.77747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 323 aa  245  8e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3226  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 309 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0080  transcriptional regulator, LysR family  43.25 
 
 		 303 aa  242  5e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 321 aa  240  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 310 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4143  transcriptional regulator, LysR family  44.48 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.132565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2283  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 306 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.95602  normal  0.350255 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 310 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3893  putative transcriptional regulator  43.49 
 
 		 317 aa  232  8.000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7099  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 303 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 306 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4125  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 303 aa  226  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 294 aa  192  6e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  34.51 
 
 		 289 aa  190  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 296 aa  189  8e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 294 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 294 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 330 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1558  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.93 
 
 		 309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.525706  hitchhiker  0.00043239 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  34.27 
 
 		 289 aa  182  7e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  34.48 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5378  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.519344  normal  0.589348 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 328 aa  176  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  37.29 
 
 		 299 aa  176  6e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 302 aa  175  7e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0928  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 291 aa  175  8e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0490463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.07 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  32.87 
 
 		 315 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 297 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3755  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 318 aa  171  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.984554  normal  0.0106865 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  32.76 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 297 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 301 aa  170  4e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 301 aa  167  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1454  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.508797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.86 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.35 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 314 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  33.76 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 314 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4637  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.416318  normal  0.0807289 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.52 
 
 		 290 aa  166  5e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.02 
 
 		 301 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 296 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  34.47 
 
 		 318 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 305 aa  165  6.9999999999999995e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0692  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 303 aa  165  6.9999999999999995e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.7168 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 293 aa  165  9e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 293 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0461  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3932  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>