More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5031 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_5031  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.810251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3189  LysR family transcriptional regulator  98.68 
 
 		 302 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.77747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2436  LysR family transcriptional regulator  70.27 
 
 		 337 aa  443  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399633  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1678  transcriptional regulator, LysR family  68.11 
 
 		 305 aa  435  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 303 aa  281  7.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 303 aa  280  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 308 aa  279  3e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 323 aa  280  3e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 321 aa  277  1e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 310 aa  275  7e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 310 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3413  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 306 aa  271  8.000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0080  transcriptional regulator, LysR family  44.7 
 
 		 303 aa  269  4e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4125  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 303 aa  261  8.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3893  putative transcriptional regulator  47.83 
 
 		 317 aa  250  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7099  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 303 aa  249  5e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2283  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 306 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.95602  normal  0.350255 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6313  transcriptional regulator, LysR family  43.3 
 
 		 317 aa  247  1e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4143  transcriptional regulator, LysR family  44.04 
 
 		 303 aa  247  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.132565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 306 aa  242  5e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3226  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 309 aa  229  3e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 305 aa  199  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0692  transcriptional regulator, LysR family  43.1 
 
 		 303 aa  193  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.7168 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 323 aa  192  7e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5378  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 297 aa  192  8e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.519344  normal  0.589348 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 335 aa  186  4e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.11 
 
 		 289 aa  185  8e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.42 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 304 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 300 aa  182  7e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 316 aa  181  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 291 aa  181  2e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 298 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 302 aa  179  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 310 aa  179  4.999999999999999e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 292 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 300 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 309 aa  178  8e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 330 aa  178  9e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5440  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 295 aa  177  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  36.91 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.23 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 307 aa  176  6e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.14 
 
 		 293 aa  175  7e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 301 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4955  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 305 aa  175  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846935  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 310 aa  175  9e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  37.63 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 314 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 314 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  35.09 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.44 
 
 		 289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 322 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.74 
 
 		 289 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 324 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 289 aa  173  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 294 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 294 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 294 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  36.11 
 
 		 300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 294 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 294 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 294 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>