More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_1678 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_1678  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  605  9.999999999999999e-173  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2436  LysR family transcriptional regulator  71.62 
 
 		 337 aa  442  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399633  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5031  LysR family transcriptional regulator  68.11 
 
 		 302 aa  435  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.810251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3189  LysR family transcriptional regulator  68.44 
 
 		 302 aa  434  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.77747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 303 aa  298  8e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 		 303 aa  293  3e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 308 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 323 aa  284  1.0000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 321 aa  278  6e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3413  LysR family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 310 aa  276  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 310 aa  275  5e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0080  transcriptional regulator, LysR family  44.67 
 
 		 303 aa  271  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4125  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 		 303 aa  263  3e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7099  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 303 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6313  transcriptional regulator, LysR family  45.05 
 
 		 317 aa  256  3e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2283  LysR family transcriptional regulator  46.2 
 
 		 306 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.95602  normal  0.350255 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4143  transcriptional regulator, LysR family  45.64 
 
 		 303 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.132565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3893  putative transcriptional regulator  46.15 
 
 		 317 aa  248  7e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 306 aa  245  8e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3226  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 309 aa  240  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 291 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5378  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 297 aa  196  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.519344  normal  0.589348 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 305 aa  195  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 303 aa  192  5e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 297 aa  192  6e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  39.29 
 
 		 314 aa  192  7e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  37.85 
 
 		 289 aa  192  8e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 323 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 316 aa  187  2e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 335 aa  186  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  39.46 
 
 		 297 aa  185  7e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  38.14 
 
 		 299 aa  185  8e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.18 
 
 		 293 aa  185  9e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0692  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.7168 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 292 aa  183  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  37.72 
 
 		 315 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.4 
 
 		 290 aa  182  5.0000000000000004e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 289 aa  182  6e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 289 aa  180  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4317  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 296 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135379  normal  0.740819 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  35.4 
 
 		 289 aa  180  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 314 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3137  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 298 aa  179  4e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 303 aa  179  5.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  36.55 
 
 		 289 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.64 
 
 		 303 aa  179  5.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 302 aa  179  8e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  39.56 
 
 		 290 aa  178  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  38.73 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.36 
 
 		 289 aa  176  5e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  41.63 
 
 		 315 aa  176  5e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 310 aa  176  6e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2592  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 299 aa  175  8e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.786682 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  36.82 
 
 		 302 aa  175  8e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 297 aa  175  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 292 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1665  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.4 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1068  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  34.02 
 
 		 290 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.07 
 
 		 305 aa  172  7.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 304 aa  172  7.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 293 aa  172  9e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 302 aa  172  9e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 326 aa  171  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 335 aa  171  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  39.63 
 
 		 327 aa  170  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 296 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>