More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2683 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 310 aa  632  1e-180  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  87.79 
 
 		 303 aa  538  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  87.79 
 
 		 303 aa  538  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3339  LysR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 302 aa  330  3e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 309 aa  313  1.9999999999999998e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2945  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.84 
 
 		 300 aa  308  8e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2030  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 305 aa  293  2e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4360  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 318 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4156  transcriptional regulator, LysR family  50.87 
 
 		 318 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0111  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 320 aa  290  3e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.248059  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4228  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 306 aa  288  9e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0828  LysR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 301 aa  285  5e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3390  transcriptional regulator, LysR family  49.51 
 
 		 301 aa  283  2.0000000000000002e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.318019  normal  0.290543 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1558  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.11 
 
 		 309 aa  247  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.525706  hitchhiker  0.00043239 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0209  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 302 aa  242  6e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 307 aa  235  6e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10120  LysR family transcription regulator  42.67 
 
 		 309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000385324  normal  0.883998 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1618  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 310 aa  224  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3662  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 306 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.6979  normal  0.769038 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4379  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0648611 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0530  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 312 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.546421  normal  0.717973 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4078  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 312 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 344 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0721  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 326 aa  216  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.15311  normal  0.129513 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5329  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 301 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0884153  normal  0.0232804 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3410  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 317 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0692441  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4957  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 317 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.132685 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3168  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 309 aa  215  8e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0860299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2594  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 303 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.636109  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3287  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5136  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 323 aa  207  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.390119 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0639  transcriptional regulator, LysR family  44.75 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.078735  normal  0.279966 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 335 aa  206  4e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4166  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 310 aa  206  5e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3979  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 309 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.20844 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1980  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 310 aa  206  6e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3540  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 309 aa  205  8e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.808754 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2363  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 312 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2922  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 334 aa  199  5e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 307 aa  199  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 294 aa  199  6e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 295 aa  199  6e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 296 aa  199  7e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 294 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 294 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 334 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.46 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 334 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 298 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5851  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 299 aa  196  5.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.905079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  36.05 
 
 		 295 aa  196  6e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0475  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 301 aa  195  6e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 303 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 303 aa  195  6e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 310 aa  195  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 334 aa  195  7e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 334 aa  195  7e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 334 aa  195  9e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 296 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06550  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.213986  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 324 aa  193  4e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 335 aa  192  5e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 292 aa  192  8e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 310 aa  191  9e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.24 
 
 		 289 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 338 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>