More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0209 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0209  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  591  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2945  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.53 
 
 		 300 aa  289  4e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  48.5 
 
 		 309 aa  284  1.0000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3339  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 302 aa  271  9e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 303 aa  264  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  46.69 
 
 		 303 aa  264  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  46.36 
 
 		 310 aa  262  4.999999999999999e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0828  LysR family transcriptional regulator  48.58 
 
 		 301 aa  252  5.000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3390  transcriptional regulator, LysR family  48.46 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.318019  normal  0.290543 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2030  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4156  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 318 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4228  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 306 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4360  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 318 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0111  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 320 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.248059  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  41.05 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2922  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 307 aa  193  4e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1558  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.67 
 
 		 309 aa  192  8e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.525706  hitchhiker  0.00043239 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 310 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3287  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 334 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3168  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 309 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0860299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 296 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 334 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 335 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 293 aa  182  9.000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 362 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 334 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4379  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0648611 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1618  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10120  LysR family transcription regulator  38.54 
 
 		 309 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000385324  normal  0.883998 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 334 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  37.19 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 334 aa  179  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 334 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  39.53 
 
 		 297 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 294 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 304 aa  179  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 294 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4078  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 312 aa  179  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 334 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 303 aa  178  8e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 307 aa  178  8e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.52 
 
 		 289 aa  178  9e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 327 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 301 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 327 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 327 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0530  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.546421  normal  0.717973 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 334 aa  176  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 303 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 295 aa  176  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 324 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 304 aa  176  5e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 294 aa  175  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 306 aa  175  7e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 		 334 aa  175  7e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.55 
 
 		 305 aa  175  7e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 294 aa  175  8e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>