More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0828 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0828  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  599  1e-170  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3339  LysR family transcriptional regulator  53.36 
 
 		 302 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  50.17 
 
 		 303 aa  307  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 303 aa  307  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2945  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.25 
 
 		 300 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  48.49 
 
 		 310 aa  297  2e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 309 aa  293  3e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3390  transcriptional regulator, LysR family  51.34 
 
 		 301 aa  285  8e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.318019  normal  0.290543 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4360  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 318 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4228  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4156  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 318 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2030  transcriptional regulator, LysR family  43.58 
 
 		 305 aa  241  9e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0111  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 320 aa  238  8e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.248059  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0209  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 302 aa  236  3e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 307 aa  226  3e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3287  transcriptional regulator, LysR family  43.25 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2922  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0475  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0415  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.79866  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2363  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 299 aa  206  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 334 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 334 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 334 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4166  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 334 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 334 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 334 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 334 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 334 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 334 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 334 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 334 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 334 aa  195  9e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  36.27 
 
 		 289 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 344 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  35.56 
 
 		 289 aa  194  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 312 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 292 aa  193  4e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 334 aa  192  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1618  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 302 aa  191  9e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.03 
 
 		 290 aa  191  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  34.51 
 
 		 288 aa  191  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 289 aa  190  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3662  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.6979  normal  0.769038 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5329  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0884153  normal  0.0232804 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  35.21 
 
 		 290 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4957  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 317 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.132685 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3410  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 317 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0692441  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 289 aa  189  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2896  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.637701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 289 aa  189  5e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.62 
 
 		 289 aa  188  8e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1558  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.64 
 
 		 309 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.525706  hitchhiker  0.00043239 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  40.07 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4379  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0648611 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 288 aa  187  2e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 298 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 334 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 310 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 292 aa  185  7e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 292 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 298 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.07 
 
 		 298 aa  185  9e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 334 aa  185  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4078  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 312 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3361  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  36.27 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 288 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  32.99 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0721  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 326 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.15311  normal  0.129513 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2594  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.636109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  37.68 
 
 		 302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3979  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.20844 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 335 aa  182  6e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0639  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.078735  normal  0.279966 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 341 aa  182  7e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>