More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xfasm12_0475 on replicon NC_010513
Organism: Xylella fastidiosa M12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_0475  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
301 aa  616  1e-175  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0415  LysR family transcriptional regulator  97.67 
 
 
301 aa  602  1.0000000000000001e-171  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.79866  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3287  transcriptional regulator, LysR family  52.22 
 
 
299 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  52.96 
 
 
310 aa  305  6e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2363  LysR family transcriptional regulator  51.01 
 
 
299 aa  298  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31895  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3361  transcriptional regulator, LysR family  54.05 
 
 
301 aa  283  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0530  LysR family transcriptional regulator  48.18 
 
 
312 aa  276  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.546421  normal  0.717973 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5755  transcriptional regulator, LysR family  49.49 
 
 
311 aa  277  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4078  transcriptional regulator, LysR family  47.51 
 
 
312 aa  271  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 
307 aa  271  1e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5329  LysR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
301 aa  262  4e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0884153  normal  0.0232804 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3662  LysR family transcriptional regulator  46.33 
 
 
306 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.6979  normal  0.769038 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4957  LysR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
317 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.132685 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3410  LysR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
317 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0692441  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0721  LysR family transcriptional regulator  46 
 
 
326 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.15311  normal  0.129513 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2922  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 
305 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4379  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 
301 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0648611 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5136  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 
323 aa  250  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.390119 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3540  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 
309 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.808754 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4166  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 
310 aa  246  3e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3979  LysR family transcriptional regulator  47.49 
 
 
309 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.20844 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2594  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 
303 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.636109  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4978  transcriptional regulator, LysR family  44.08 
 
 
305 aa  228  1e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.486149  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5851  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 
299 aa  223  4e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.905079  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2030  transcriptional regulator, LysR family  37.98 
 
 
305 aa  210  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4156  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 
318 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2945  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.45 
 
 
300 aa  206  5e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4360  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
318 aa  205  6e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4228  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
306 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0577  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 
304 aa  204  1e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.596869 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3339  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
302 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0828  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 
301 aa  201  8e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
294 aa  199  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0111  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
320 aa  198  9e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.248059  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
296 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
294 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 
310 aa  195  6e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  38.64 
 
 
309 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
316 aa  194  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
312 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
294 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
294 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
296 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 
300 aa  192  7e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 
301 aa  191  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
294 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
300 aa  189  5e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 
307 aa  188  8e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  37.64 
 
 
307 aa  188  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.44 
 
 
303 aa  188  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 
303 aa  188  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 
298 aa  187  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
299 aa  188  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
305 aa  188  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 
298 aa  187  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.22 
 
 
300 aa  187  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.21 
 
 
298 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
319 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3390  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 
301 aa  187  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.318019  normal  0.290543 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
295 aa  186  3e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
297 aa  186  3e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
300 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 
297 aa  186  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 
301 aa  186  4e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
297 aa  186  5e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
298 aa  186  5e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 
298 aa  186  5e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1980  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
310 aa  186  5e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 
310 aa  185  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
303 aa  185  9e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1618  transcriptional regulator, LysR family  39.27 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 
314 aa  183  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 
300 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 
314 aa  183  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
297 aa  183  4.0000000000000006e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
309 aa  182  4.0000000000000006e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
298 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 
302 aa  182  6e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
327 aa  182  7e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 
301 aa  182  7e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
305 aa  182  8.000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
300 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
299 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
301 aa  181  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
298 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
307 aa  180  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
296 aa  180  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 
304 aa  179  4e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
327 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>