More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4078 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4078  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 312 aa  631  1e-180  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0530  LysR family transcriptional regulator  93.59 
 
 		 312 aa  566  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.546421  normal  0.717973 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4379  LysR family transcriptional regulator  65.55 
 
 		 301 aa  396  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0648611 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4957  LysR family transcriptional regulator  65.22 
 
 		 317 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.132685 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3410  LysR family transcriptional regulator  65.22 
 
 		 317 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0692441  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5329  LysR family transcriptional regulator  65.22 
 
 		 301 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0884153  normal  0.0232804 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0721  LysR family transcriptional regulator  64.21 
 
 		 326 aa  379  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.15311  normal  0.129513 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3662  LysR family transcriptional regulator  64.47 
 
 		 306 aa  380  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.6979  normal  0.769038 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5136  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 323 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.390119 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0475  LysR family transcriptional regulator  47.51 
 
 		 301 aa  287  2e-76  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 307 aa  285  8e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0415  LysR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 301 aa  281  1e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.79866  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  47.51 
 
 		 310 aa  278  6e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3979  LysR family transcriptional regulator  51.83 
 
 		 309 aa  278  9e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.20844 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3540  LysR family transcriptional regulator  51.5 
 
 		 309 aa  277  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.808754 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3287  transcriptional regulator, LysR family  47.97 
 
 		 299 aa  277  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2594  LysR family transcriptional regulator  51.5 
 
 		 303 aa  271  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.636109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3361  transcriptional regulator, LysR family  50.84 
 
 		 301 aa  259  3e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2922  LysR family transcriptional regulator  47.87 
 
 		 305 aa  259  4e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5755  transcriptional regulator, LysR family  46.28 
 
 		 311 aa  256  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4166  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 310 aa  241  1e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2363  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 299 aa  239  5.999999999999999e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 303 aa  236  5.0000000000000005e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  44.9 
 
 		 303 aa  236  5.0000000000000005e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3339  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 310 aa  231  2e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4360  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 318 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0111  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 320 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.248059  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4228  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 306 aa  225  6e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4156  transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 		 318 aa  225  8e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4978  transcriptional regulator, LysR family  46.38 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.486149  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5851  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 299 aa  222  6e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.905079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2945  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.18 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0577  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.596869 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 312 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1618  transcriptional regulator, LysR family  44.18 
 
 		 302 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2030  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3390  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.318019  normal  0.290543 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 316 aa  209  6e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 307 aa  209  7e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 294 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  39.87 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 305 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 305 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 297 aa  208  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1558  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.8 
 
 		 309 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.525706  hitchhiker  0.00043239 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 296 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 309 aa  206  6e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 334 aa  205  7e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 294 aa  205  8e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 334 aa  205  9e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 334 aa  205  9e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 334 aa  203  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10120  LysR family transcription regulator  40.27 
 
 		 309 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000385324  normal  0.883998 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 335 aa  203  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4955  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 305 aa  203  4e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846935  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 334 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1980  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 310 aa  203  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 308 aa  203  4e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 334 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 334 aa  202  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 294 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 294 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 313 aa  202  7e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 334 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 334 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  38.31 
 
 		 302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 322 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 310 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 316 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.06 
 
 		 298 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 338 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  39.8 
 
 		 307 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 324 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>