More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1558 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_1558  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 309 aa  638    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.525706  hitchhiker  0.00043239 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10120  LysR family transcription regulator  61.44 
 
 		 309 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000385324  normal  0.883998 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3168  LysR family transcriptional regulator  54.15 
 
 		 309 aa  359  4e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0860299  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1618  transcriptional regulator, LysR family  55 
 
 		 302 aa  331  8e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1980  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 310 aa  305  7e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0639  transcriptional regulator, LysR family  47.35 
 
 		 305 aa  275  9e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.078735  normal  0.279966 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  44.11 
 
 		 310 aa  247  2e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  43.58 
 
 		 303 aa  245  8e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 303 aa  245  8e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 309 aa  236  5.0000000000000005e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2030  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 305 aa  219  3e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4360  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 318 aa  218  7e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0111  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 320 aa  216  4e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.248059  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4228  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 306 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4156  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 318 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2945  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.26 
 
 		 300 aa  208  8e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3339  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 307 aa  205  6e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 334 aa  202  7e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 334 aa  202  7e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 312 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 314 aa  199  3e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 314 aa  199  3e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3287  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 338 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 334 aa  198  9e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  35.71 
 
 		 315 aa  196  3e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3390  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.318019  normal  0.290543 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 303 aa  196  6e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 334 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 295 aa  195  7e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 334 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 334 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 334 aa  195  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  36.73 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4078  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 312 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 344 aa  192  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 288 aa  192  5e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 297 aa  192  7e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0721  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 326 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.15311  normal  0.129513 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 289 aa  190  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 303 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0530  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 312 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.546421  normal  0.717973 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 303 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 288 aa  189  5e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 334 aa  189  5e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4379  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 301 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0648611 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 304 aa  189  7e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3662  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 306 aa  188  9e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.6979  normal  0.769038 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 323 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.96 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 323 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  34.92 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 334 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 334 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 334 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 334 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 334 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 334 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 303 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 335 aa  186  6e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.15 
 
 		 289 aa  185  7e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4166  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 310 aa  185  8e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4957  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.132685 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 324 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5329  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0884153  normal  0.0232804 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2896  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.637701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3410  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0692441  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.33 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2594  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.636109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2592  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 299 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.786682 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 324 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 324 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 294 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6313  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 317 aa  182  5.0000000000000004e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4040  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 303 aa  182  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.466403 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3540  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 309 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.808754 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3979  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 309 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.20844 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>