More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3454 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 310 aa  611  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3287  transcriptional regulator, LysR family  57.88 
 
 		 299 aa  342  5e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2363  LysR family transcriptional regulator  55.29 
 
 		 299 aa  316  3e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0475  LysR family transcriptional regulator  52.96 
 
 		 301 aa  305  6e-82  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0415  LysR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 301 aa  304  1.0000000000000001e-81  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.79866  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3361  transcriptional regulator, LysR family  56.9 
 
 		 301 aa  289  3e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 307 aa  283  2.0000000000000002e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5755  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 311 aa  277  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5851  LysR family transcriptional regulator  52.68 
 
 		 299 aa  272  4.0000000000000004e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.905079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0530  LysR family transcriptional regulator  47.51 
 
 		 312 aa  265  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.546421  normal  0.717973 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4078  transcriptional regulator, LysR family  47.51 
 
 		 312 aa  263  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5136  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 323 aa  261  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.390119 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4957  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 317 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.132685 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3662  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 306 aa  260  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.6979  normal  0.769038 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5329  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 301 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0884153  normal  0.0232804 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3410  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 317 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0692441  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2922  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 305 aa  256  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3540  LysR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 309 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.808754 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0721  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 326 aa  253  3e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.15311  normal  0.129513 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3979  LysR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 309 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.20844 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2594  LysR family transcriptional regulator  50.87 
 
 		 303 aa  252  6e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.636109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4166  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 310 aa  251  8.000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4379  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 301 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0648611 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2945  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.84 
 
 		 300 aa  242  7e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  41.22 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3339  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.858524 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 310 aa  224  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0577  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 304 aa  221  8e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.596869 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 309 aa  221  1.9999999999999999e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4156  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 318 aa  219  6e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4360  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 318 aa  219  6e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4228  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4978  transcriptional regulator, LysR family  46.1 
 
 		 305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.486149  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0111  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 320 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.248059  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3390  transcriptional regulator, LysR family  44.83 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.318019  normal  0.290543 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 312 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  40.42 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0828  LysR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 301 aa  211  2e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 296 aa  208  8e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.14 
 
 		 298 aa  208  9e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 298 aa  208  9e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  38.25 
 
 		 344 aa  203  3e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 298 aa  202  5e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 304 aa  201  9e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2030  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 305 aa  200  3e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 307 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 303 aa  199  5e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 295 aa  199  7e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 300 aa  199  7e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 300 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 298 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 294 aa  198  9e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 310 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 362 aa  196  5.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 314 aa  196  5.000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 300 aa  196  6e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 303 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 327 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 331 aa  195  8.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0639  transcriptional regulator, LysR family  40.8 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.078735  normal  0.279966 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 335 aa  194  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1558  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.86 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.525706  hitchhiker  0.00043239 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 303 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 300 aa  193  4e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 296 aa  192  4e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 305 aa  193  4e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  39.67 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.7 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 300 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 300 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 300 aa  192  7e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 300 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 300 aa  192  7e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 327 aa  192  9e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 327 aa  192  9e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  36.82 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1980  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>