More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4978 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4978  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  594  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.486149  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 307 aa  268  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0475  LysR family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 301 aa  255  6e-67  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0415  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.79866  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3979  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 309 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.20844 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5136  LysR family transcriptional regulator  48.36 
 
 		 323 aa  249  4e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.390119 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3287  transcriptional regulator, LysR family  46.33 
 
 		 299 aa  249  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3540  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 309 aa  249  5e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.808754 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2594  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.636109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4957  LysR family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 317 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.132685 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5329  LysR family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 301 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0884153  normal  0.0232804 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3410  LysR family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 317 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0692441  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4379  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 301 aa  246  3e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0648611 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  46.1 
 
 		 310 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2922  LysR family transcriptional regulator  48.36 
 
 		 305 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3662  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 306 aa  242  5e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.6979  normal  0.769038 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0721  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 326 aa  241  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.15311  normal  0.129513 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0530  LysR family transcriptional regulator  47.7 
 
 		 312 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.546421  normal  0.717973 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4078  transcriptional regulator, LysR family  46.38 
 
 		 312 aa  235  7e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2363  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 299 aa  229  3e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4166  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 310 aa  229  5e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5851  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 299 aa  216  4e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.905079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5755  transcriptional regulator, LysR family  43.14 
 
 		 311 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3361  transcriptional regulator, LysR family  47.16 
 
 		 301 aa  211  7.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  41.41 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4228  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 306 aa  210  3e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4360  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 318 aa  210  3e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 312 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4156  transcriptional regulator, LysR family  39.45 
 
 		 318 aa  208  7e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0639  transcriptional regulator, LysR family  44.78 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.078735  normal  0.279966 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 334 aa  203  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0111  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 320 aa  202  8e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.248059  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  39.22 
 
 		 334 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 338 aa  200  3e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 342 aa  199  7e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 334 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10120  LysR family transcription regulator  40.73 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000385324  normal  0.883998 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1618  transcriptional regulator, LysR family  43.24 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1558  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.08 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.525706  hitchhiker  0.00043239 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 344 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 299 aa  197  3e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 299 aa  197  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 334 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 334 aa  195  6e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 334 aa  195  6e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 334 aa  195  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 334 aa  195  7e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 334 aa  195  7e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 334 aa  195  7e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 334 aa  195  7e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 334 aa  195  7e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 303 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 303 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 334 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 334 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 334 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 302 aa  193  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 294 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 294 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2945  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.66 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 300 aa  192  5e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3168  LysR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 309 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0860299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 292 aa  192  8e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 295 aa  192  8e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 292 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  40.56 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 292 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.97 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 292 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 292 aa  190  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2030  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 305 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 324 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  35.15 
 
 		 289 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 324 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 324 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  35.15 
 
 		 290 aa  189  4e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 324 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 294 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0577  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 304 aa  189  5.999999999999999e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.596869 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 322 aa  189  7e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 292 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  42.52 
 
 		 314 aa  189  7e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 289 aa  188  9e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 323 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>