More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_2679 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
310 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  84.59 
 
 
307 aa  519  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 
312 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  45.92 
 
 
307 aa  271  1e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  46.21 
 
 
344 aa  265  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 
303 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 
303 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 
303 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 
303 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  42.23 
 
 
305 aa  240  2e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 
304 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 
298 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 
294 aa  226  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 
296 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  42.03 
 
 
298 aa  225  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 
301 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.52 
 
 
299 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 
298 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 
296 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 
335 aa  220  3e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 
298 aa  220  3e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 
298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 
294 aa  219  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.96 
 
 
293 aa  219  6e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 
296 aa  218  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
294 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
294 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  41.81 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.41 
 
 
302 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 
309 aa  213  3.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  38.05 
 
 
302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
319 aa  211  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
316 aa  211  1e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
299 aa  211  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 
301 aa  211  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  34.36 
 
 
309 aa  211  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
305 aa  211  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1665  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
296 aa  211  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 
298 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
298 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 
307 aa  209  7e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 
307 aa  209  7e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.28 
 
 
307 aa  208  7e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 
296 aa  208  9e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 
310 aa  208  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 
309 aa  207  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 
293 aa  207  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
313 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
294 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
298 aa  206  4e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.27 
 
 
302 aa  206  4e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.68 
 
 
304 aa  206  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
297 aa  206  5e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
303 aa  205  6e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
296 aa  205  9e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
303 aa  205  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
306 aa  204  2e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
307 aa  203  2e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
305 aa  204  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3070  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 
304 aa  202  7e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0273364 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 
294 aa  201  9e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 
294 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 
298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 
299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  36.6 
 
 
309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3287  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 
299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
305 aa  199  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5886  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 
306 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.437235  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
301 aa  199  3e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6395  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 
306 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.158228 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5522  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 
306 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0758082  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 
294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.95 
 
 
303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 
294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 
300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 
300 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
305 aa  198  9e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
305 aa  198  9e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
305 aa  198  9e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
313 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 
301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 
310 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
294 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  37.34 
 
 
315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 
313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
292 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>