More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0372 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  610  1e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  88.93 
 
 		 289 aa  555  1e-157  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  88.89 
 
 		 289 aa  555  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  86.85 
 
 		 289 aa  546  1e-154  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  86.81 
 
 		 289 aa  540  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 302 aa  437  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 		 295 aa  421  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  66.44 
 
 		 290 aa  418  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 292 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  66.32 
 
 		 292 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 292 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  66.67 
 
 		 292 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  65.74 
 
 		 292 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  65.4 
 
 		 293 aa  412  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  65.05 
 
 		 293 aa  411  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  63.32 
 
 		 289 aa  405  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 293 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  64.58 
 
 		 291 aa  404  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  64.24 
 
 		 288 aa  401  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  61.81 
 
 		 288 aa  398  9.999999999999999e-111  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 288 aa  397  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 289 aa  396  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  60.9 
 
 		 289 aa  388  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  61.54 
 
 		 298 aa  387  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  60.42 
 
 		 289 aa  387  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  59.52 
 
 		 290 aa  381  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  61.37 
 
 		 298 aa  383  1e-105  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  59.93 
 
 		 290 aa  377  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  55.02 
 
 		 304 aa  358  4e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 298 aa  343  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  54.55 
 
 		 298 aa  342  4e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  54.55 
 
 		 298 aa  342  5e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  52.96 
 
 		 298 aa  338  9e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  52.96 
 
 		 298 aa  336  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 298 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  52.26 
 
 		 298 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  51.56 
 
 		 302 aa  333  3e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 302 aa  332  4e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 300 aa  305  6e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  46.5 
 
 		 292 aa  288  5.0000000000000004e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 290 aa  277  2e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 295 aa  264  1e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 326 aa  252  6e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 335 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.16 
 
 		 307 aa  232  6e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 303 aa  230  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.81 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 298 aa  229  3e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  36.77 
 
 		 293 aa  229  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  43.11 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 293 aa  226  3e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 305 aa  225  6e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 291 aa  223  3e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  37.11 
 
 		 295 aa  222  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 293 aa  222  6e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 298 aa  222  7e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 299 aa  221  8e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 298 aa  221  9e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.75 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 303 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 296 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.03 
 
 		 300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 295 aa  219  6e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 298 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 302 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  38.26 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  36.43 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 306 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1068  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 313 aa  214  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 331 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 301 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 296 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 313 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 344 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 316 aa  211  7.999999999999999e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 304 aa  211  9e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 294 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 314 aa  211  2e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 306 aa  210  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.92 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 297 aa  210  3e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 304 aa  209  4e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 304 aa  209  5e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 328 aa  209  6e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 319 aa  208  7e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 313 aa  208  7e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>