More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1180 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  654    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  56.21 
 
 		 295 aa  334  1e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 304 aa  294  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  49.65 
 
 		 302 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 302 aa  286  4e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 298 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  48.26 
 
 		 298 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.92 
 
 		 298 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  48.43 
 
 		 298 aa  281  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 298 aa  278  6e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 298 aa  277  1e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 298 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  45.67 
 
 		 289 aa  273  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  45.49 
 
 		 289 aa  264  2e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 295 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 289 aa  261  1e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  42.01 
 
 		 288 aa  261  1e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  44.01 
 
 		 289 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  42.56 
 
 		 289 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 289 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 292 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 292 aa  251  1e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 288 aa  251  1e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 292 aa  251  1e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  40.34 
 
 		 290 aa  249  5e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  41.98 
 
 		 290 aa  249  5e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 288 aa  248  7e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  42.36 
 
 		 289 aa  248  7e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 302 aa  248  8e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 292 aa  248  9e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 292 aa  248  9e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 292 aa  248  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  43.4 
 
 		 290 aa  246  3e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  41.99 
 
 		 298 aa  246  3e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 289 aa  246  4e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 293 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 291 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 293 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 293 aa  245  9e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 300 aa  238  8e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 298 aa  238  1e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  40.85 
 
 		 292 aa  232  8.000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 290 aa  225  9e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1068  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 313 aa  202  9e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 299 aa  196  6e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 299 aa  196  6e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 335 aa  190  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 293 aa  189  4e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 291 aa  188  9e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.18 
 
 		 293 aa  182  8.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 299 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1558  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.36 
 
 		 309 aa  182  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.525706  hitchhiker  0.00043239 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 296 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  36.36 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 312 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 302 aa  180  4e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 304 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2405  transcriptional regulator, LysR family  33.65 
 
 		 345 aa  179  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 297 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 316 aa  178  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 342 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 298 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 299 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 344 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2436  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 337 aa  176  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399633  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  36.97 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2994  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 331 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2423  transcriptional regulator, LysR family  33.02 
 
 		 345 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.896405 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.88 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.5 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5786  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 345 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 399 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>