More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2405 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2405  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 345 aa  712    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2423  transcriptional regulator, LysR family  86.38 
 
 		 345 aa  626  1e-178  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.896405 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5557  LysR family transcriptional regulator  76.23 
 
 		 345 aa  536  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5786  LysR family transcriptional regulator  74.78 
 
 		 345 aa  529  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6638  LysR family transcriptional regulator  61.83 
 
 		 338 aa  423  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5409  transcriptional regulator, LysR family  61.09 
 
 		 347 aa  412  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  59.02 
 
 		 353 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2342  transcriptional regulator, LysR family  57.01 
 
 		 344 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4625  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 		 331 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00069577 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 		 359 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5256  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 		 359 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1996  transcriptional regulator, LysR family  56.37 
 
 		 343 aa  355  5e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 302 aa  207  3e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 289 aa  202  5e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 305 aa  199  6e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6102  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 324 aa  198  9e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 335 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  33.56 
 
 		 289 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 298 aa  195  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 292 aa  195  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  35.74 
 
 		 288 aa  194  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.39 
 
 		 307 aa  193  4e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 295 aa  192  9e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 298 aa  192  9e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  35.29 
 
 		 302 aa  192  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  33.22 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.25 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 307 aa  191  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.04 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 299 aa  189  5e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 289 aa  189  8e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 302 aa  189  8e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 297 aa  189  9e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 292 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 292 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 297 aa  187  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 293 aa  187  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 291 aa  186  4e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 292 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 292 aa  186  5e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 299 aa  186  7e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 316 aa  186  7e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 298 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  35.86 
 
 		 297 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5623  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 323 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.919335  normal  0.153906 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  33 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 297 aa  183  4.0000000000000006e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2223  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 301 aa  182  7e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 289 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.16 
 
 		 290 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 322 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 312 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 295 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0526  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 302 aa  180  4e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 323 aa  180  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 338 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0269  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 337 aa  179  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 326 aa  179  8e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05493  transcription regulator protein  36.27 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.564857 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  32.87 
 
 		 330 aa  178  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 289 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 294 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  32.99 
 
 		 290 aa  177  3e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0887  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0888177 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 323 aa  176  7e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 323 aa  176  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  34.28 
 
 		 295 aa  176  8e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 308 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  32.76 
 
 		 318 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2143  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101514 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>