More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2436 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2436  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 337 aa  676    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.399633  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1678  transcriptional regulator, LysR family  71.62 
 
 		 305 aa  442  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5031  LysR family transcriptional regulator  70.27 
 
 		 302 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.810251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3189  LysR family transcriptional regulator  70.95 
 
 		 302 aa  444  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.77747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 303 aa  292  7e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 308 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 		 323 aa  283  3.0000000000000004e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 303 aa  281  8.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0080  transcriptional regulator, LysR family  47.14 
 
 		 303 aa  274  2.0000000000000002e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1637  LysR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 310 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1614  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 310 aa  269  5e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525061  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3413  LysR family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 306 aa  268  8e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4884  LysR family transcriptional regulator  45.72 
 
 		 321 aa  264  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000596604  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4125  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 303 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3893  putative transcriptional regulator  46.51 
 
 		 317 aa  258  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4143  transcriptional regulator, LysR family  46.84 
 
 		 303 aa  256  4e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.132565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6313  transcriptional regulator, LysR family  44.78 
 
 		 317 aa  256  5e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2283  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 306 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.95602  normal  0.350255 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7099  LysR family transcriptional regulator  45.18 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  44 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3226  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 309 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0692  transcriptional regulator, LysR family  42.01 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.7168 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5378  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.519344  normal  0.589348 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 335 aa  192  6e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 291 aa  192  6e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 289 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 295 aa  189  5.999999999999999e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 294 aa  185  9e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4317  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 296 aa  184  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135379  normal  0.740819 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4955  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846935  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  38.83 
 
 		 290 aa  182  7e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 298 aa  182  7e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 292 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  37.67 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.86 
 
 		 289 aa  181  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  34.48 
 
 		 289 aa  181  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  35.69 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 298 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 399 aa  179  7e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.62 
 
 		 289 aa  179  8e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 323 aa  179  8e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 295 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 299 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  37.04 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.81 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 292 aa  177  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.64 
 
 		 303 aa  177  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 303 aa  177  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 293 aa  176  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  34.72 
 
 		 290 aa  176  4e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 320 aa  176  4e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  39.27 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 290 aa  176  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  34.34 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 293 aa  176  5e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 326 aa  176  6e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 288 aa  176  6e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1524  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 302 aa  176  6e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551916 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 307 aa  175  8e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 298 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 301 aa  175  9e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 297 aa  175  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.14 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 292 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 327 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  32.01 
 
 		 330 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2411  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410162  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>